La CREPSA est administrée par un conseil d'administration comprenant un nombre équivalent d'administrateurs adhérents et d'administrateurs participants.
Les administrateurs représentant les adhérents sont désignés par la fédération française des sociétés d'assurances et le groupement des entreprises mutuelles d'assurances.
Les administrateurs représentant les participants sont désignés par les organisations syndicales représentatives au niveau de la branche, ces organisations les choisissant parmi toutes les catégories de personnel ayant la qualité de membre participant. Un représentant au moins des membres participants a obligatoirement la qualité de retraité.
Chaque organisation syndicale représentative au niveau de la branche dispose d'un mandat d'administrateur titulaire.
Pour le cas d'empêchement ou d'absence, il est désigné, dans les mêmes conditions, un nombre égal de membres suppléants appelés à siéger à la place des titulaires en cas d'empêchement de ces derniers.
Chaque organisation syndicale et patronale doit veiller à désigner les administrateurs de façon à parvenir à une représentation équilibrée des hommes et des femmes conformément à l'accord professionnel du 18 mars 2013 sur la modernisation du paritarisme et de son fonctionnement.