La commission élit en son sein un président et un vice-président dont la durée du mandat est fixée à 2 ans. Toutefois, lorsque l'un des postes devient vacant avant cette échéance, il est procédé à une nouvelle désignation.
Le poste de président doit être assuré alternativement par un représentant patronal et un représentant salarié. Le poste de vice-président est automatiquement occupé par un représentant de l'autre collège.
Le vice-président préside les réunions en cas d'empêchement du président.