Pour chacune de ses attributions, la commission paritaire est présidée en alternance, pour chaque demande, examinée dans l'ordre chronologique de sa mise en état, par un représentant des organisations syndicales de branche ou par un représentant des Entreprises désigné par l'organisation patronale de branche.
Dans ses attributions de validation des accords collectifs, la commission paritaire est saisie dans les 15 jours de la signature de l'accord par la partie signataire la plus diligente. Elle se prononce dans les 4 mois de sa saisine. A défaut de décision rendue dans ce délai, l'accord est réputé avoir été validé. Les membres de la commission paritaire sont tenus au secret sur les dispositions des accords qui leur sont soumis.
Lorsqu'elle siège pour rendre un avis sur un licenciement individuel, la commission paritaire est saisie par le salarié, dans les 15 jours de la notification de son licenciement, et se réunit au plus tard dans les 45 jours de la saisine. A l'issue de la réunion, elle rend un avis sur le caractère « grave » ou « lourd » de la faute invoquée ; en cas de partage des voix, l'avis reflète les positions de chaque délégation.