Les membres de la commission élisent en leur sein un président. Il est élu pour 2 ans. A titre transitoire et pour le premier mandat, il est élu pour 3 ans.

Le président est en charge de la conduite des débats. Il établit l'ordre du jour des réunions et rédige les décisions de la commission.

Les décisions sont prises à la majorité simple. En cas d'égalité de voix, un supplément d'information sera demandé auprès de l'entreprise candidate.

Une fois le supplément d'information obtenu, la certification est accordée par vote à la majorité relative.

L'organisation d'employeur assure le secrétariat de la commission nationale.