Les absences sont comptabilisées sur la base de l'horaire moyen de référence.
Un compte de compensation en temps est instauré pour chaque salarié. Il porte en positif les heures effectuées au-delà de l'horaire moyen de référence. Il porte en négatif les heures payées mais non travaillées lorsque la durée du travail est inférieure à l'horaire moyen de référence.
Ce compte doit être apuré au terme de la période d'annualisation ou lors du départ du salarié.