Les frais de gestion et de fonctionnement des fonds (frais de gestion financière, de gestion administrative et comptable, de conservation...) ainsi que les frais indirects sont prélevés sur les actifs des FCPE et sont donc supportés par les bénéficiaires. Les droits d'entrée sur les versements aux FCPE sont pris en charge par les épargnants ou l'entreprise.