La CPNE élit en son sein un président et un vice-président dont la durée du mandat est fixée à 2 ans. Le poste de président doit être assuré alternativement par un représentant patronal et un représentant salarié. Le poste de vice-président est automatiquement occupé par un représentant de l'autre collège.

Le vice-président préside les réunions de la CPNE en cas d'empêchement du président.

Conjointement avec le vice-président, le président arrête l'ordre du jour de la réunion.