La CPNEIS est composée, pour le collège des salariés, de 25 représentants des organisations syndicales de salariés affiliées aux confédérations signataires de l'accord interprofessionnel du 10 février 1969, à raison de 5 représentants par confédération, ainsi que, si elle le souhaite, un ou plusieurs permanents de cette confédération et, pour le collège des employeurs, de 20 représentants du LEEM et 5 représentants de l'UNIPHAR.

Les membres de cette instance participant à ces réunions bénéficient des dispositions relatives au remboursement des frais liés aux réunions paritaires fixés à l'article 9.4 des clauses générales de la convention collective nationale de l'industrie pharmaceutique.