Contribuant à l'accroissement des compétences et la reconnaissance de l'expérience professionnelle dans l'ensemble de la profession, les CQP doivent être pris en compte dans les entreprises lors des entretiens annuels d'évaluation.

Le développement du professionnalisme par l'acquisition de nouvelles compétences dans un même emploi peut permettre au salarié, en fonction des niveaux de progression définis, d'évoluer au sein du groupe de classification dans lequel son emploi est classé.

De même, l'acquisition de nouvelles compétences peut permettre au salarié de changer d'emploi dans la même filière ou dans une autre filière. Ce changement d'emploi peut conduire, par l'application des critères classants définis par l'avenant n° 1 de la convention collective nationale de l'industrie pharmaceutique, à un changement de groupe de classification.

Par ailleurs, chaque CQP se verra positionné à un niveau de la nomenclature interministérielle des titres et diplômes (niveaux I, II, III, IV, V et V bis).