La CEFI est dotée d'un secrétaire permanent. Celui-ci exerce ses fonctions sous l'autorité du président et du vice-président de la CEFI. Il assure, notamment, l'élaboration des dossiers techniques nécessaires à la mise en œuvre du programme d'actions de la CEFI (cf. art. 6 ci-après) et la coordination entre les membres de la CEFI pour veiller à la tenue (convocations, procès-verbaux) et au déroulement des réunions de ses différentes composantes structurelles.