Les décisions de la commission sont paritaires, elles font l'objet d'un accord entre le collège employeur et le collège des organisations de salariés. Cet accord est formalisé par une délibération qui est rendue publique par le secrétariat de la commission.

La commission ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres de chacun des collèges la composant statutairement sont présents ou valablement représentés. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, la commission est convoquée à nouveau dans un délai de huit jours et peut délibérer sur le même ordre du jour quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.

Le vote a lieu par collège ; les décisions ne sont adoptées que si, respectivement dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité des voix des membres présents ou représentés ; s'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de la commission où la décision est prise par vote individuel des représentants.

Néanmoins, le bureau après en avoir préalablement apprécié l'urgence pourra proposer, en cas de désaccord entre les deux collèges, de soumettre à nouveau la proposition au vote individuel des représentants.

Les délibérations de la commission font l'objet d'un relevé de décisions extrait du procès-verbal. Le procès-verbal fait l'objet d'une approbation lors de la réunion suivante de la commission.