Les organisations signataires des accords portant constitution du FAF Propreté peuvent percevoir, pour les missions et services accomplis en vue d'assurer la gestion paritaire des fonds de la formation professionnelle, une indemnisation qui ne peut excéder 0,75 % du montant des sommes collectées au titre des agréments (décret 96-703 du 7 août 1996).

L'autorisation d'absence des administrateurs salariés, pour participer aux délibérations des organes de gestion ou d'étude du FAF Propreté, est de droit, sous réserve de l'envoi de convocations aux administrateurs intervenant 15 jours avant la réunion permettant à ces derniers de procéder à l'information préalable auprès de leurs employeurs.