La gestion du FAFORIA est confiée à une association régie par la loi du 1er juillet 1901, dénommée AGEFAFORIA, agréée par arrêté du 22 mars 1995 en qualité d'organisme paritaire collecteur agréé (OPCA) et habilitée au niveau national et professionnel à gérer les contributions légales et conventionnelles affectées par les entreprises à la formation professionnelle. Les statuts de cette association figurent en annexe II à la présente convention. Le conseil d'administration de l'AGEFAFORIA constituera autant de sections financières que le FAFORIA compte de branches distinctes, ou regroupées à cet effet.

Il constituera d'autre part une section financière particulière pour gérer les sommes versées par les employeurs de moins de 10 salariés en application de l'article L. 952-1 du code du travail.