Dans le cadre de l'OPCA Transports, la section Transports maritimes fonctionne sous l'égide d'un conseil de section constitué paritairement par un représentant, titulaire ou suppléant, de chacune des organisations syndicales représentatives signataires du présent accord et d'un nombre égal de représentants, titulaires ou suppléants, du comité central des armateurs de France.

Le conseil de section, composé au plus de 6 membres par collège, élit un président et un vice-président alternativement parmi les membres de chacun des collèges représentant les employeurs et les salariés. Le vice-président appartient nécessairement au collège auquel n'appartient pas le président.