Le dépouillement des bulletins pour l'élection aux comités sociaux territoriaux est assuré par le ou les bureaux de vote.
Lorsque des bureaux de vote secondaires ont été institués, ils transmettent les résultats au bureau central.
Le vote par correspondance est dépouillé par le bureau central de vote.

Chaque bureau de vote procède au recensement et au dépouillement du suffrage dès la clôture du scrutin. Les votes par correspondance sont dépouillés en même temps que les votes directs après qu'il a été procédé à leur recensement.
Le président du centre de gestion peut, après consultation des organisations syndicales ayant présenté une liste, fixer par arrêté une heure de début des opérations de recensement des votes par correspondance, par émargement sur les listes électorales du comité social territorial placé auprès de ce centre, antérieure à l'heure de clôture du scrutin le jour de ce scrutin. Cet arrêté intervient au plus tard le dixième jour précédant la date du scrutin. Un exemplaire en est adressé immédiatement à chaque délégué de liste.
En cas de pluralité des bureaux de vote, un procès-verbal des opérations de recensement et de dépouillement est rédigé dans chaque bureau par les membres du bureau. Un exemplaire du procès-verbal est affiché, un autre exemplaire est immédiatement transmis au président du bureau central de vote.

Pour le recensement des votes par correspondance, la liste électorale est émargée au fur et à mesure de l'ouverture de chaque enveloppe extérieure et l'enveloppe intérieure est déposée, sans être ouverte, dans l'urne contenant les suffrages des agents ayant voté directement.
Sont mises à part sans donner lieu à émargement :
1° Les enveloppes extérieures non acheminées par la poste ;
2° Celles parvenues au bureau central de vote après l'heure fixée pour la clôture du scrutin ;
3° Celles qui ne comportent pas lisiblement le nom et la signature de l'agent ;
4° Celles qui sont parvenues en plusieurs exemplaires sous la signature d'un même agent.

Le bureau central de vote constate le nombre total de votants et détermine le nombre total de suffrages valablement exprimés ainsi que le nombre de voix obtenues par chaque liste.

Le bureau central de vote détermine le quotient électoral en divisant le nombre de suffrages valablement exprimés par le nombre de représentants titulaires à élire au sein du comité social territorial.

Chaque liste a droit à autant de sièges de représentants titulaires du personnel que le nombre de voix recueillies par elle contient de fois le quotient électoral.
Dans le cas où, pour l'attribution d'un siège, des listes ont la même moyenne, le siège est attribué à la liste qui a recueilli le plus grand nombre de voix. Si les listes en cause ont recueilli le même nombre de voix, le siège est attribué à celle qui a présenté le plus grand nombre de candidats au titre du comité social territorial. Si plusieurs de ces listes ont obtenu le même nombre de voix et ont présenté le même nombre de candidats, le siège est attribué par voie de tirage au sort.
Lorsqu'une liste commune a été établie par des organisations syndicales, la répartition entre ces organisations des suffrages exprimés se fait sur la base indiquée et rendue publique par elles lors du dépôt de leur liste. A défaut d'indication, la répartition des suffrages se fait à parts égales entre les organisations intéressées.

La désignation des membres titulaires du comité social territorial est faite à la représentation proportionnelle suivant la règle de la plus forte moyenne.
Les représentants titulaires sont désignés selon l'ordre de présentation de la liste.

Il est attribué à chaque liste un nombre de représentants suppléants égal à celui des représentants titulaires, désignés selon l'ordre de présentation de la liste.
En cas de liste ne comportant pas un nombre de noms égal au nombre de sièges de représentants titulaires et de représentants suppléants à pourvoir, l'organisation syndicale ne peut prétendre à l'obtention de plus de sièges de représentants titulaires et de représentants suppléants du personnel que ceux pour lesquels elle a proposé des candidats. Les sièges éventuellement restants ne sont attribués à aucune liste.

Dans le cas où des sièges n'ont pu être pourvus par voie d'élection faute de candidats, l'attribution de ces sièges est faite par tirage au sort parmi les électeurs qui remplissent les conditions d'éligibilité.
Le jour, l'heure et le lieu de tirage au sort sont annoncés au moins huit jours à l'avance par affichage dans les locaux administratifs. Tout électeur au comité social territorial peut y assister.
Le tirage au sort est effectué par l'autorité territoriale ou son représentant. Si un bureau central de vote a été mis en place, ses membres sont convoqués pour assister au tirage au sort.
Si les agents désignés par le sort n'acceptent pas leur nomination, les sièges vacants des représentants du personnel sont attribués à des représentants des collectivités territoriales ou des établissements dont relèvent ces agents.

Le bureau central de vote, après avoir procédé au récolement des opérations de chaque bureau, établit le procès-verbal récapitulatif de l'ensemble des opérations électorales et procède immédiatement à la proclamation des résultats.

Le procès-verbal mentionne notamment :

1° Le nombre de votants ;

2° Le nombre de suffrages valablement exprimés ;

2° bis Le nombre de votes blancs ;

3° Le nombre de votes nuls ;

4° Le nombre de voix obtenues par chaque liste en présence ;

5° La répartition des sièges entre les listes.

Lorsqu'une liste a été présentée par un syndicat qui est affilié à une union de syndicats de fonctionnaires, le procès-verbal précise en outre l'organisation syndicale nationale à laquelle se rattache ce syndicat.

En cas de liste commune à plusieurs organisations syndicales, le procès-verbal précise également la base de répartition des suffrages exprimés, déterminée conformément aux dispositions du dernier alinéa de l'article R. 211-134.

Un exemplaire du procès-verbal mentionné à l'article R. 211-138 est immédiatement adressé au préfet du département ainsi qu'aux délégués de liste.
En outre, le centre de gestion informe du résultat de l'élection les collectivités territoriales et établissements affiliés au centre et comptant moins de cinquante agents. Chaque collectivité territoriale ou établissement assure la publicité des résultats.

Le préfet communique dans les meilleurs délais un tableau récapitulatif départemental mentionnant notamment le nombre d'électeurs inscrits, de votants, de suffrages exprimés et de suffrages obtenus par chaque liste aux organes départementaux des organisations syndicales qui lui en ont fait la demande par écrit.