L'exploitant adresse au préfet, au plus tard le 15 février de chaque année, pour chaque installation, la déclaration des émissions de gaz à effet de serre de l'année précédente, vérifiée par un organisme déclaré auprès de l'autorité administrative et accrédité à cet effet. Cette déclaration, accompagnée du rapport établi par l'organisme vérificateur, est adressée par voie électronique.

Les modalités de validation et de transmission de la déclaration au teneur du registre sont fixées par l'arrêté prévu à l'article L. 229-6.

En cas d'absence de déclaration, ou de déclaration ne répondant pas aux conditions du I de l'article L. 229-18, le préfet met en oeuvre la procédure prévue à l'article R. 229-33 et, le cas échéant, procède au calcul d'office des émissions dans les conditions prévues par l'arrêté mentionné à l'alinéa précédent.

Tout exploitant doit restituer à l'Etat, au plus tard le 30 avril de chaque année, une quantité de quotas correspondant aux émissions, déclarées et validées dans les conditions prévues par l'arrêté prévu à l'article L. 229-6, de chacune de ses installations. Cette opération est effectuée par voie électronique auprès du teneur du registre.