L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est soumis au régime financier et comptable défini par le décret du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier des établissements publics de l'Etat.

Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.

L'autorité chargée du contrôle financier a droit d'entrée avec voix consultative à tout comité, commission ou organe consultatif existant en son sein.

L'agent comptable de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.

Des comptables secondaires peuvent être nommés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques, outre les contributions des agences de l'eau, les versements opérés en application du V de l'article L. 213-10-8 et les subventions versées par des personnes publiques, sont constituées par :

1° Le produit des redevances, les contreparties afférentes aux inventions et procédés nouveaux, la rémunération des services rendus, la vente des publications et, d'une façon générale, toute ressource tirée de son activité ;

2° Les produits financiers, l'intérêt et le remboursement des prêts et avances ;

3° Les emprunts ;

4° Le produit de l'aliénation ou de la location des biens, meubles et immeubles ;

5° Les dons et legs ;

6° Toute autre recette autorisée par les lois et règlements en vigueur.

L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé des finances.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.