Le régime financier de l'agence est fixé, sous réserve des dispositions résultant du présent chapitre, par les titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget de l'agence comprend, d'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et les règlements et les dépenses prévues à l'article 178 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le Fonds pour l'amélioration des conditions de travail a pour objet d'inciter et d'aider les entreprises, notamment les petites et moyennes entreprises, les associations ou les branches professionnelles au moyen de subventions et dans le cadre de démarches participatives, à concevoir et à mettre en œuvre des projets d'expérimentation dans le champ des missions confiées à l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail. Les modalités d'attribution des subventions allouées au titre du fonds sont fixées par arrêté du ministre chargé du travail.

La gestion des crédits du Fonds pour l'amélioration des conditions de travail est confiée à l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail. Le cadre général d'intervention de l'agence fait l'objet d'une convention conclue entre l'Etat et l'agence.