Les tribunaux judiciaires connaissent des contestations concernant le paiement, la garantie ou le remboursement des créances de toute nature recouvrées par l'administration des douanes.

Dans le délai de deux mois suivant la réception de la réponse de l'autorité compétente mentionnée au deuxième alinéa de l'article L. 331-1 ou, à défaut de réponse, suivant l'expiration du délai de six mois mentionné au même alinéa, le redevable peut saisir le tribunal judiciaire.
Cette saisine suspend la prescription mentionnée à l'article L. 612-1 jusqu'à l'intervention d'une décision de justice devenue définitive.

Les décisions du comptable public relatives aux garanties exigées du redevable peuvent être contestées, dans un délai de quinze jours à compter de la notification de la réponse du comptable public ou de l'expiration du délai d'un mois mentionné à l'article L. 331-2, devant le président du tribunal judiciaire, statuant en référé.
Le président, saisi par simple demande écrite, statue dans un délai d'un mois.
Dans un délai de quinze jours suivant la décision du président, le redevable et le comptable public peuvent faire appel. A défaut de décision, le redevable peut saisir la cour d'appel dans un délai de quinze jours suivant l'expiration du délai mentionné au deuxième alinéa.
Lorsque des garanties suffisantes n'ont pas été constituées et que le comptable public a mis en place des mesures conservatoires, le redevable peut, dans un délai de quinze jours à compter de la notification de la décision du comptable public, demander au président du tribunal judiciaire, statuant en référé, de prononcer la limitation ou l'abandon de ces mesures. Les dispositions des deuxième et troisième alinéas du présent article sont applicables à cette demande.
Les recours dirigés contre la régularité des mesures conservatoires relèvent du juge de l'exécution dans les conditions prévues par le code des procédures civiles d'exécution.

L'action en réparation du préjudice subi fondée sur la non-conformité d'une règle de droit dont il a été fait application à une norme supérieure ou la demande de dommages et intérêts résultant de la faute commise dans la détermination de l'assiette, le contrôle et le recouvrement de l'impôt ne peut porter que sur une période postérieure au 1^er janvier de la deuxième année précédant celle au cours de laquelle l'existence de la créance a été révélée au demandeur.

Les litiges relatifs aux créances, aux demandes de remboursement ou remise mentionnés à l'article 116 du code des douanes de l'Union, aux demandes formulées en application des dispositions des articles L. 321-10 ou L. 331-8 et ceux relatifs aux décisions en matière de garantie sont portés devant le tribunal judiciaire du lieu d'émission de l'avis de mise en recouvrement ou dans le ressort duquel est situé le bureau de douane ou le service spécialisé où la créance a été constatée.