Le recteur de l'académie, chancelier des universités, dans le ressort de laquelle l'établissement abritant la fondation a son siège assure les fonctions de commissaire du Gouvernement auprès de la fondation.
Il participe avec voix consultative aux réunions du conseil de gestion. Il peut se faire représenter à cette occasion. Il peut obtenir communication de tout document relatif à l'activité ou à la gestion de la fondation.

Les délibérations de la fondation sont transmises au chef de l'établissement.
Le conseil d'administration de l'établissement peut s'opposer dans le délai de deux mois et par décision motivée à l'exécution d'une délibération relative à l'acceptation des dons et des legs avec les charges afférentes prise au titre du 4° de l'article R. 719-199 et à celles prises au titre du 5° du même article.
Le budget ainsi que les comptes de la fondation sont transmis au chef de l'établissement qui l'abrite et soumis, pour approbation, au conseil d'administration de celui-ci selon une périodicité prévue par les statuts de la fondation et au moins une fois par an.

Le budget de la fondation est annexé au budget de l'établissement qui abrite la fondation.

Les statuts de la fondation déterminent les modalités d'établissement du budget. Ils fixent les règles particulières d'exécution des opérations de recettes et de dépenses et les dérogations aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique nécessaires à la conduite des activités de la fondation dans le respect de ses actes constitutifs et conformément au quatrième alinéa de l'article L. 719-12.

Les statuts de la fondation déterminent également les conditions de création et les modalités de fonctionnement des régies de recettes et de dépenses.

L'agent comptable de l'établissement qui abrite la fondation établit un compte financier propre à la fondation. Ce compte financier est annexé au compte financier de l'établissement.

Les ressources annuelles de la fondation se composent :
1° Du revenu de la dotation ;
2° De la fraction consomptible de la dotation qui ne peut excéder chaque année 20 % du total de la dotation, sous réserve que l'acte constitutif de la fondation ne fasse pas obstacle à une telle utilisation ;
3° Des produits financiers ;
4° Des revenus des biens meubles et immeubles appartenant à l'établissement et dévolus à la fondation ;
5° Des dons et legs qui peuvent être ou non assortis de charges ;
6° Des produits des partenariats ;
7° Des produits de ventes et des rémunérations pour services rendus ;
8° Et de tous les autres produits autorisés par les lois et règlements.
Les personnes publiques ne peuvent apporter plus de 50 % du montant de la dotation initiale. La fraction consomptible de cette part de la dotation ne peut excéder 50 %. Les dons des établissements publics sont autorisés à la condition qu'ils proviennent de leurs ressources propres.

Les dépenses et charges annuelles de la fondation se composent :
1° Des achats de biens et de services ou d'équipements nécessaires à l'activité de la fondation ;
2° Du montant des aides spécifiques attribuées en application des dispositions du deuxième alinéa de l'article L. 821-1 ;
3° Des charges découlant de l'acceptation de dons et legs qui en sont assortis ;
4° Des frais de personnel et de gestion nécessaires à la réalisation des missions de la fondation ;
5° Des frais de gestion remboursés à l'établissement qui abrite la fondation ;
6° De toute dépense concourant à l'accomplissement de ses missions.
Les décisions engageant une dépense d'un montant supérieur à 500 000 euros par opération ou, pour les opérations présentant un caractère pluriannuel, supérieur à 1 000 000 d'euros ne sont exécutoires qu'après approbation par le conseil d'administration de l'établissement qui abrite la fondation.

Le budget est voté et exécuté en équilibre après utilisation, le cas échéant, de la fraction annuelle consomptible de la dotation déterminée dans les conditions prévues au 2° de l'article R. 719-202.

Le président de la fondation est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses de la fondation. Il peut déléguer sa signature à un ou plusieurs membres du bureau. Les comptes sont tenus selon les règles applicables aux comptes des fondations.
L'agent comptable de l'établissement qui abrite la fondation recouvre les recettes et effectue les paiements relatifs aux activités de la fondation.
Le conseil d'administration de l'établissement qui abrite la fondation nomme, après avis du conseil de gestion de la fondation universitaire, au moins un commissaire aux comptes et un suppléant ; ceux-ci peuvent être également le commissaire aux comptes de l'établissement et son suppléant.