Les dépenses de l'établissement sont réglées par l'agent comptable au vu de l'acceptation des dépenses par l'ordonnateur. L'acceptation est matérialisée, quel que soit le support, sous forme d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, ou sous forme d'un certificat séparé d'exécution de service, l'un ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.

Les ordres de recouvrement sont transmis par l'ordonnateur à l'agent comptable, quel qu'en soit le support.

Le contrôle des dépenses exercé par l'agent comptable en application de l'article 19 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique est adapté et proportionné aux risques liés au montant et à la nature de la dépense. Les modalités de la mise en œuvre de ces procédures sont déterminées par l'agent comptable après information du président ou du directeur de l'établissement.

L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable, sous réserve que les crédits soient disponibles au budget, certaines catégories de dépenses déterminées conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget.

Un service facturier placé sous l'autorité de l'agent comptable peut être chargé de centraliser la réception des factures. Dans ce cas, la certification du service fait par l'ordonnateur autorise le paiement par l'agent comptable dès lors que la facture est conforme à l'engagement et au service fait. Cette certification du service fait tient lieu d'ordonnancement de la dépense.

Les remises gracieuses et les admissions en non-valeur des créances de l'établissement sont décidées par le président ou le directeur de l'établissement sur proposition du conseil d'administration et, pour les fondations universitaires, du conseil de gestion de la fondation, après avis de l'agent comptable principal. Les dispositions du présent article ne sont pas applicables aux dettes de l'agent comptable.

Les conventions relatives aux acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont conclues par le président ou le directeur de l'établissement. Elles sont soumises à l'approbation du conseil d'administration.

Le conseil d'administration de l'établissement peut déléguer ses compétences au président ou au directeur de l'établissement en matière de locations d'immeubles si la durée du contrat est inférieure à neuf ans et si le montant du loyer annuel n'excède pas une limite fixée par un arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.

L'acceptation des dons et legs est autorisée par le conseil d'administration dans les conditions prévues par le code général de la propriété des personnes publiques.

En cas de trop-perçu par un créancier de l'établissement, l'ordonnateur délivre un ordre de reversement.
Tout reversement constaté avant la clôture de l'exercice donne lieu à un rétablissement de crédit.
Les reversements effectués postérieurement à la clôture de l'exercice de rattachement de la dépense sont portés en recette du budget de l'exercice en cours.

Lorsque l'ordonnateur refuse d'émettre un ordre de dépense, le créancier peut se pourvoir devant le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Celui-ci procède, s'il y a lieu et après mise en demeure restée sans effet, au mandatement d'office dans la limite des crédits ouverts.