Le budget est exécutoire le 1er janvier de l'exercice à condition d'avoir été, à cette date, régulièrement adopté ou, le cas échéant, approuvé.

Lorsque le budget n'est pas exécutoire le 1er janvier de l'exercice, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées temporairement sur la base de 80 % du budget de l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, pour le budget principal, des crédits affectés à des dépenses non renouvelables.
Le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut décider qu'une partie du budget correspondant au budget principal ou au budget annexe ou au budget d'une fondation est exécutoire.

Si le budget n'est pas exécutoire le 1er mars de l'exercice, il est arrêté par le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Le budget est exécuté par nature de dépense et de recette selon la nomenclature comptable. L'imputation par destination est restituée au plus tard pour l'établissement du compte financier.

Le président ou le directeur de l'établissement est ordonnateur du budget.
Le président d'université peut déléguer sa signature dans les conditions prévues à l'article L. 712-2. Le président ou le directeur des autres établissements peut déléguer sa signature selon des modalités fixées par le décret statutaire de l'établissement.

Les directeurs des instituts et écoles internes des universités, le président de chaque fondation universitaire et le directeur d'un service commun à plusieurs établissements créé en vertu des dispositions de l'article L. 714-2 sont ordonnateurs secondaires pour les affaires les intéressant.
Les ordonnateurs secondaires peuvent déléguer leur signature aux agents publics placés sous leur autorité.

L'agent comptable exerce les fonctions de chef du service de la comptabilité de l'établissement.
Le pouvoir de suspension à l'égard des agents comptables est exercé, par le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Le ministre qui a prononcé le détachement de l'intéressé est avisé de la suspension.

Il peut être institué, sur proposition du président ou du directeur de l'établissement, des agents comptables secondaires. Ils sont désignés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget, après agrément de l'agent comptable principal.

Les agents comptables peuvent déléguer leur signature.

Le président ou le directeur de l'établissement peut créer des régies de recettes ou d'avances dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.

Lorsqu'un ordonnateur a requis un agent comptable de payer, celui-ci défère à la réquisition. Il en rend compte au ministre chargé du budget et en informe le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

L'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par un des cas prévus à l'article 195 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. L'agent comptable rend immédiatement compte de son refus au ministre chargé du budget et en informe le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Les dépenses de l'établissement sont réglées par l'agent comptable au vu de l'acceptation des dépenses par l'ordonnateur. L'acceptation est matérialisée, quel que soit le support, sous forme d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, ou sous forme d'un certificat séparé d'exécution de service, l'un ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.

Les ordres de recouvrement sont transmis par l'ordonnateur à l'agent comptable, quel qu'en soit le support.

Le contrôle des dépenses exercé par l'agent comptable en application de l'article 19 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique est adapté et proportionné aux risques liés au montant et à la nature de la dépense. Les modalités de la mise en œuvre de ces procédures sont déterminées par l'agent comptable après information du président ou du directeur de l'établissement.

L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable, sous réserve que les crédits soient disponibles au budget, certaines catégories de dépenses déterminées conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget.

Un service facturier placé sous l'autorité de l'agent comptable peut être chargé de centraliser la réception des factures. Dans ce cas, la certification du service fait par l'ordonnateur autorise le paiement par l'agent comptable dès lors que la facture est conforme à l'engagement et au service fait. Cette certification du service fait tient lieu d'ordonnancement de la dépense.

Les remises gracieuses et les admissions en non-valeur des créances de l'établissement sont décidées par le président ou le directeur de l'établissement sur proposition du conseil d'administration et, pour les fondations universitaires, du conseil de gestion de la fondation, après avis de l'agent comptable principal. Les dispositions du présent article ne sont pas applicables aux dettes de l'agent comptable.

Les conventions relatives aux acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont conclues par le président ou le directeur de l'établissement. Elles sont soumises à l'approbation du conseil d'administration.

Le conseil d'administration de l'établissement peut déléguer ses compétences au président ou au directeur de l'établissement en matière de locations d'immeubles si la durée du contrat est inférieure à neuf ans et si le montant du loyer annuel n'excède pas une limite fixée par un arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.

L'acceptation des dons et legs est autorisée par le conseil d'administration dans les conditions prévues par le code général de la propriété des personnes publiques.

En cas de trop-perçu par un créancier de l'établissement, l'ordonnateur délivre un ordre de reversement.
Tout reversement constaté avant la clôture de l'exercice donne lieu à un rétablissement de crédit.
Les reversements effectués postérieurement à la clôture de l'exercice de rattachement de la dépense sont portés en recette du budget de l'exercice en cours.

Lorsque l'ordonnateur refuse d'émettre un ordre de dépense, le créancier peut se pourvoir devant le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Celui-ci procède, s'il y a lieu et après mise en demeure restée sans effet, au mandatement d'office dans la limite des crédits ouverts.

Dans les cas prévus par les dispositions législatives et réglementaires en vigueur, le recours à l'emprunt est soumis à l'approbation du recteur d'académie, chancelier des universités, et du directeur régional des finances publiques ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du contrôleur budgétaire et comptable ministériel.
Un emprunt ne peut être souscrit pour assurer le financement du remboursement des annuités d'emprunt.

Les fonds de l'établissement sont déposés et placés dans les conditions prévues à l'article 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des fonds peuvent néanmoins être déposés dans des établissements bancaires ou à la Caisse des dépôts et consignations pour un usage strictement lié à un transit technique ou aux placements des libéralités reçues par l'établissement et des fonds des fondations universitaires.

L'exercice comptable correspond à l'année civile.
Tous les droits acquis et tous les services faits au cours d'un exercice doivent être comptabilisés au titre de cet exercice.

Le plan comptable des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel est établi conformément aux dispositions de l'article 54 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Il est approuvé conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget.

L'ordonnateur tient un inventaire permanent de tous les biens mobiliers et immobiliers dont il dispose. Cet inventaire distingue les biens propres de l'établissement de ceux qui lui sont affectés ou qui sont mis à sa disposition. Il est concordant avec l'inventaire comptable.

Chaque établissement se dote d'une comptabilité analytique établie conformément aux dispositions des articles 59 et 209 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les programmes pluriannuels d'investissement font l'objet d'un suivi particulier permettant de retracer l'état des engagements pluriannuels pris par l'établissement.