Après la procédure de choix de discipline, les internes en médecine, rattachés à un centre hospitalier régional, relèvent pour leur formation pédagogique, selon des modalités déterminées par le ou les conseils de l'unité ou des unités de formation et de recherche (UFR) médicale de la subdivision et après approbation des présidents d'université concernés, de l'UFR médicale de l'université où ils prennent leur inscription annuelle.

Au cours de leur formation, les internes en médecine peuvent bénéficier, en tenant compte de la qualité de leur projet de recherche, d'une année de recherche dont les modalités d'organisation ainsi que le nombre de postes offerts chaque année sont fixés par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé.
Les stages effectués au cours d'une année de recherche ne sont pas pris en compte dans les obligations de formation pratique prévues pour chaque diplôme d'études spécialisées et chaque diplôme d'études spécialisées complémentaires.

Les internes en médecine reçoivent à temps plein une formation théorique et pratique de trois à cinq ans selon le diplôme d'études spécialisées envisagé.
Pour chaque diplôme d'études spécialisées, le temps de préparation, le programme des enseignements, la durée et la nature des fonctions pratiques qui doivent être exercées dans les stages hospitaliers ou extrahospitaliers, notamment le nombre de semestres à valider par spécialité, ainsi que les règles de validation applicables constituent la maquette de formation. Ces maquettes sont fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

La formation pratique des internes en médecine s'effectue dans des lieux de stages ou auprès de praticiens dénommés praticiens agréés-maîtres de stage des universités. Pour accueillir des internes, ces lieux de stage et ces praticiens doivent être agréés, d'une part, au titre d'une ou plusieurs des disciplines mentionnées au premier alinéa de l'article R. 632-7, d'autre part, au titre d'une ou plusieurs des spécialités mentionnées au deuxième alinéa de l'article R. 632-7.

Les modalités d'agrément des lieux de stages et des praticiens énoncés à l'article L. 632-5 sont déterminées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Pour les disciplines et spécialités communes à la médecine et à l'odontologie ou à la médecine et à la pharmacie, les modalités d'agrément des lieux de stages ou des praticiens-maîtres de stage sont fixés par le décret n° 2011-957 du 10 août 2011 relatif à la commission d'interrégion du troisième cycle long des études odontologiques et aux modalités d'agrément des stages et par le décret n° 2012-257 du 22 février 2012 relatif à la commission d'interrégion des études spécialisées de pharmacie et de biologie médicale.

Les internes en médecine suivent une formation d'un ou plusieurs semestres dans des lieux de stages agréés ou auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités, déterminés pour chaque diplôme d'études spécialisées et chaque diplôme d'études spécialisées complémentaires dans les maquettes de formation.
Les internes de médecine générale suivent une formation d'au moins un semestre de formation dans les lieux des stages au sein des CHU agréés au titre de la discipline médecine générale. Toutefois, le coordonnateur local du diplôme d'études spécialisées de médecine générale peut, après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche, dispenser l'interne de ce stage, dans le cas où les capacités de formation de la subdivision dont il relève s'avèrent insuffisantes.
Les internes autres que ceux qui suivent une formation spécialisée de médecine générale ou commune à la médecine et à l'odontologie exercent leurs fonctions durant au moins deux semestres dans des lieux de stages agréés d'établissements de santé autres que les CHU, ou auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités. Toutefois, l'enseignant coordonnateur du diplôme d'études spécialisées peut, en fonction des exigences de la formation et des capacités de formation de la subdivision dont relève l'interne, limiter cette durée à un semestre.

La formation pratique prévue à l'article R. 632-15 comporte des fonctions hospitalières et extrahospitalières.

Les fonctions hospitalières sont exercées dans les lieux de stages agréés des centres hospitaliers universitaires (CHU) et des autres établissements de santé, liés par convention à ces centres.

Les fonctions extrahospitalières sont exercées soit auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités, soit dans les lieux de stages agréés des organismes extrahospitaliers, des laboratoires de recherche, des centres de santé ou des structures de soins alternatives à l'hospitalisation, liés par convention aux CHU.

L'interne en médecine est placé sous l'autorité du responsable médical du lieu de stage agréé dans lequel il est affecté ou du praticien agréé-maître de stage des universités.

Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé précise les conditions d'organisation de ces stages et le contenu des conventions prévues aux alinéas précédents.

Chaque stage de formation pratique fait l'objet d'une validation dans des conditions fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Nul ne peut poursuivre le troisième cycle des études médicales dès lors qu'il n'a pas validé ses semestres de formation dans un délai correspondant à deux fois la durée réglementaire de la maquette de formation suivie, qu'il s'agisse d'une formation dans le cadre d'un diplôme d'études spécialisées ou d'un diplôme d'études spécialisées complémentaires. Toutefois, une dérogation exceptionnelle, en raison de la situation particulière de l'interne, peut être accordée par le président de l'université après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche.

Les stages dans les lieux de stage agréés pour leur formation ou auprès des praticiens agréés-maîtres de stage des universités sont offerts tous les six mois aux internes en médecine. La durée de chaque stage est d'un semestre.

Le choix des internes s'effectue par ancienneté de fonctions validées pour un nombre entier de semestres. A ancienneté égale, le choix s'effectue selon le rang de classement.

L'interne en état de grossesse médicalement constatée, qui prend part à la procédure de choix du stage, peut demander à effectuer celui-ci en surnombre. Dans ce cas, la validation du stage est soumise aux dispositions de l'article R. 6153-20 du code de la santé publique. A titre alternatif, elle peut, par dérogation aux dispositions de l'alinéa précédent, opter pour un stage en surnombre choisi indépendamment de son rang de classement. Ce stage ne peut pas être validé quelle que soit sa durée.

Le choix des stages est organisé dans le cadre de chaque subdivision par le directeur général de l'agence régionale de santé, selon des modalités précisées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé fixent, par arrêté, les conditions dans lesquelles les internes en médecine peuvent être autorisés :
1° A accomplir des stages semestriels dans des lieux de stage agréés ou auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités au titre d'une discipline différente de leur discipline d'affectation ;
2° A accomplir des stages soit dans une subdivision autre que celle dans laquelle ils ont été affectés, soit à l'étranger, soit à l'Ecole des hautes études en santé publique.

En application du sixième alinéa de l'article L. 632-2, les internes en médecine peuvent demander avant la fin du quatrième semestre d'internat à changer de discipline dans la subdivision dans laquelle ils sont affectés, dans les conditions prévues à l'article R. 632-9. Cette possibilité ne peut s'exercer qu'une seule fois, et n'est offerte que dans la mesure où leur rang initial de classement les a situés, dans la discipline pour laquelle ils souhaitent opter, à un rang au moins égal à celui du dernier candidat issu des mêmes épreuves classantes nationales et affecté dans cette discipline au niveau de la subdivision.
Par dérogation au premier alinéa, les internes ayant signé un contrat d'engagement de service public en application de l'article L. 632-6 peuvent demander, avant la fin du quatrième semestre d'internat, à changer de spécialité au sein de la subdivision dans laquelle ils sont affectés et parmi les spécialités offertes au titre de l'année universitaire durant laquelle ils ont été affectés en qualité d'internes. Cette possibilité ne peut s'exercer qu'une seule fois, et n'est offerte que dans la mesure où leur rang initial de classement les a situés à un rang au moins égal à celui du dernier candidat issu des mêmes épreuves classantes nationales, affecté dans cette spécialité au niveau de la subdivision et ayant signé un contrat d'engagement de service public.