La gestion financière et comptable des établissements est soumise aux dispositions du titre Ier du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget des établissements comprend une section de fonctionnement et une section d'investissement.
Les recettes à percevoir au titre des droits versés pour les enfants autres que ceux des membres militaires et civils des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne, accueillis dans ces établissements, sont enregistrées dans la comptabilité et imputées sur le budget de chacun de ces établissements, arrêté par le chef du service de l'enseignement des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.

Les recettes des établissements comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat ;
2° Les subventions attribuées par l'Office franco-allemand pour la jeunesse et toute autre contribution accordée par les autorités locales françaises et de l'élément civil ou étrangères, une collectivité publique ou une organisation internationale ;
3° Des ressources propres, à savoir :
a) Les produits des dons et legs ;
b) La taxe d'apprentissage ;
c) Les recettes de pensions et de demi-pension, les recettes à percevoir au titre des droits de scolarité acquittés par les familles des élèves n'appartenant pas aux membres des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne ;
d) Les remboursements de trop-perçus ;
e) La participation du service d'hébergement et des autres services annexes ;
f) Les recettes diverses.

Le commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne détermine le montant des droits acquittés par les familles des élèves n'appartenant pas aux membres des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.

Les dépenses comprennent tous les frais de fonctionnement et d'entretien, qui ont notamment pour objet :
1° Les activités éducatives et pédagogiques ;
2° Le chauffage et l'éclairage ;
3° L'entretien des matériels, des locaux et des véhicules ;
4° Les charges générales ;
5° Les aides aux élèves ;
6° Les rémunérations de personnels recrutés, notamment par contrat de droit public, pour les besoins de la formation professionnelle tout au long de la vie.

Le chef d'établissement prépare le budget. Après consultation du conseil d'établissement, il l'adresse pour approbation, sous couvert du chef du service de l'enseignement des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne, au commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne auquel il doit parvenir avant le 1er décembre.
Le budget est présenté sous la même forme que celui des établissements d'enseignement mentionnés à l'article D. 422-1.

Les décisions budgétaires modificatives de virement entre chapitres et de prélèvement sur le fonds de roulement sont prises dans les mêmes conditions que le budget. Le chef d'établissement porte au budget les augmentations de crédits provenant de ressources nouvelles non prévues initialement.

Le chef d'établissement est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il veille à la bonne conservation des biens, meubles et immeubles, confiés à sa garde. A ce titre, il est tenu de faire dresser et de faire tenir à jour les registres inventaires des objets mobiliers et immobiliers.

La gestion financière de plusieurs établissements peut être regroupée par arrêté du ministre de la défense.
Chaque établissement ou groupement d'établissements est pourvu d'un agent comptable.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.

Avant d'être installé, il prête serment devant le commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.

Lorsque l'agent comptable a suspendu le paiement des dépenses, conformément aux dispositions de l'article 38 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, l'ordonnateur peut, par écrit et sous sa responsabilité, le requérir de payer. L'agent comptable défère à la réquisition, sauf dans les cas prévus à l'article 160 du même décret, et rend compte au comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne. L'ordre de réquisition est transmis à la Cour des comptes.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les établissements conformément au décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019. Les régisseurs de recettes et d'avances sont nommés par le commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne avec l'agrément de l'agent comptable de l'établissement ou, dans le cas d'un groupement comptable, avec l'agrément de l'agent comptable de l'établissement siège du groupement.

A la fin de chaque exercice, l'agent comptable établit le compte financier de l'établissement. Il y annexe toutes les pièces justificatives originales.
Le compte financier, arrêté au 31 décembre de chaque année, est visé par le chef d'établissement qui certifie que le montant des ordres de dépenses et de recettes est conforme à ses écritures.

Avant l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice, le compte financier est transmis, sous couvert du chef du service de l'enseignement, au commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.

L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice.

Faute de présentation dans le délai prescrit, le ministre de la défense propose au ministre chargé du budget la désignation d'office d'un agent chargé de la reddition des comptes.

La comptabilité des établissements d'enseignement du second degré placés à la suite des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne est tenue conformément au plan comptable mentionné à l'article D. 422-52.

La gestion financière des établissements est soumise au contrôle du comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne. Ce contrôle porte sur la régularité des opérations budgétaires et comptables, notamment sur la tenue de la comptabilité, la disponibilité des crédits et la justification des recettes et des dépenses effectuées.
A tout instant, le comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne peut procéder ou faire procéder aux vérifications qu'il estime nécessaires.

Lors de la cessation de fonctions de l'agent comptable sortant ou de la prise de fonctions de l'agent comptable entrant, il est procédé à un arrêté des écritures comptables.
A cette occasion, le comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne, en présence du commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne ou de son représentant, vérifie l'existence matérielle des fonds disponibles en caisse et se fait présenter les livres comptables, le relevé arrêté à la même date du compte bancaire ou postal de l'établissement ainsi que le compte financier de l'exercice précédent.
Le procès-verbal de ces opérations, accompagné des opérations sur la régularité de la gestion financière, est adressé au commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.