Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est soumise au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.
Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre des affaires étrangères.

Les opérations financières et comptables de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger sont effectuées conformément aux dispositions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963, des articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation budgétaire applicable aux établissements publics à caractère administratif ainsi que des articles 1er à 62 et 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger nomme ordonnateurs secondaires les chefs des établissements en gestion directe et les chefs des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1.
Il prépare et présente le budget de l'établissement public qui comporte l'ensemble des recettes et des dépenses des services centraux, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Au sein de ce budget, un tableau spécifique regroupe, par section et par nature, l'ensemble des budgets établis par les ordonnateurs secondaires des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Le budget de l'agence comprend un compte de résultat prévisionnel et un tableau de financement abrégé prévisionnel. Les recettes et les dépenses y sont classées par nature selon le plan comptable de l'agence défini par le directeur de l'agence, approuvé par le ministre chargé du budget.

Les dépenses de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger comprennent notamment les frais de travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations afférents aux immeubles qui lui sont remis en dotation.
Les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des biens immobiliers remis en dotation à l'agence sont perçues par cette dernière.

L'agent comptable de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est nommé par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.

Des agents comptables secondaires sont nommés dans les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par décision du directeur de l'agence. Plusieurs établissements en gestion directe peuvent être dotés du même agent comptable secondaire.

A la fin de chaque exercice, l'agent comptable prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les établissements d'enseignement.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les services centraux de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger, dans les établissements en gestion directe et au sein des groupements de gestion, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger exerce les droits et obligations de l'Etat pour les conventions en cours et contractées par lui, avant l'entrée en vigueur de la loi n° 90-588 du 6 juillet 1990 portant création de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger, pour remplir les missions mentionnées à l'article L. 452-2.

Le chef d'établissement désigné ordonnateur secondaire dans les conditions prévues à l'article D. 452-14 élabore :
1° Le budget primitif de l'établissement ou du groupement d'établissements, avec le concours des chefs d'établissement du groupement et de l'agent comptable de l'établissement en gestion directe ; lorsqu'un groupement de gestion a été constitué, il est établi un seul budget pour l'ensemble des établissements en gestion directe intégrés au groupement ;
2° Les décisions modificatives du budget de l'établissement ou du groupement de gestion, avec le concours des personnes citées ci-dessus, dans les conditions suivantes :
a) Les décisions modificatives qui ne remettent pas en cause l'équilibre global du budget primitif de l'établissement d'enseignement ou qui ne provoquent pas de modification du résultat prévisionnel ou de la variation prévisionnelle du fonds de roulement net global, ni virements de crédit entre chapitres de personnel et autres chapitres de fonctionnement, sont prises par le chef d'établissement d'enseignement avant la clôture de l'exercice et transmises pour information au directeur de l'agence ;
b) Les autres décisions modificatives sont prises avant la clôture de l'exercice, par le directeur de l'agence. En cas d'urgence liée à la situation locale et reconnue comme telle par le directeur de l'agence, ces décisions modificatives sont prises par le chef d'établissement et sont immédiatement exécutoires. Elles sont transmises au directeur de l'agence dans un délai maximum de quinze jours et en tout état de cause avant la clôture de l'exercice.
Après notification, par le directeur de l'agence, des crédits prévisionnels de recettes et de dépenses de l'établissement ou du groupement de gestion, l'ordonnateur secondaire a seul qualité pour engager, liquider et mandater les dépenses ainsi que pour constater les droits et liquider les recettes de l'établissement ou du groupement de gestion.

Les budgets primitifs de chaque établissement en gestion directe ou groupement de gestion et les budgets modificatifs sont établis en monnaie locale par le chef d'établissement ou du groupement pour chaque année civile. Ils sont transmis au directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger avec l'avis du chef de poste diplomatique.
A titre exceptionnel, le budget primitif et les budgets modificatifs peuvent être établis en euros sur proposition du chef d'établissement ou du groupement de gestion, avec l'accord du directeur et de l'agent comptable de l'agence.

Le contrôle de la gestion des comptables secondaires des établissements en gestion directe est assuré par l'agent comptable principal de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger ou, pour son compte et à sa demande :
1° Par les inspecteurs de l'inspection générale des affaires étrangères ;
2° Par le trésorier-payeur général pour l'étranger et, le cas échéant, par les comptables du Trésor territorialement compétents.