L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général.

Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger comprend trente-quatre membres :

1° Un président ;

2° Quatre parlementaires désignés par moitié respectivement par l'Assemblée nationale et par le Sénat ;

3° Dix-sept représentants de l'Etat :

-le directeur général chargé des enjeux de la mondialisation, de la culture, de l'enseignement et du développement international du ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le directeur chargé de l'enseignement au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le sous-directeur chargé de l'enseignement français à l'étranger au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le sous-directeur chargé des moyens et des opérateurs au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le chef du pôle chargé des opérateurs au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le directeur chargé des ressources humaines au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le directeur chargé des Français à l'étranger et de l'administration consulaire au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le chef de la mission chargée de l'aide à la scolarité au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le directeur chargé des affaires financières au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le sous-directeur chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

-le directeur général chargé de l'enseignement scolaire au ministère chargé de l'éducation ou son représentant ;

-le chef de l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche ou son représentant ;

-le délégué chargé des relations européennes et internationales et à la coopération au ministère chargé de l'éducation ou son représentant ;

-le chef de la délégation chargée des affaires européennes et internationales au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;

-le sous-directeur en charge de l'action extérieure de l'Etat au ministère chargé du budget ou son représentant ;

-le chef du bureau chargé de la prospective et de l'expertise européenne et internationale au ministère chargé de la fonction publique ou son représentant ;

-le directeur-adjoint en charge de la diplomatie économique au ministère chargé du commerce extérieur ou son représentant ;

4° Un membre de l'Assemblée des Français de l'étranger ;

5° Deux représentants d'organismes gestionnaires d'établissements conventionnés dont au moins un représentant des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger ;

6° Trois représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger ;

7° Cinq représentants du personnel en service tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence, désignés par les organisations syndicales représentatives ;

8° Un conseiller des Français de l'étranger non membre de l'Assemblée des Français de l'étranger, désigné sur proposition de cette dernière.

Le président du conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est nommé pour trois ans par décret, sur proposition du ministre des affaires étrangères, après consultation du ministre chargé de l'éducation.

Le mandat des membres du conseil d'administration, à l'exclusion des membres mentionnés au 3° de l'article D. 452-3, est de trois ans. Il est renouvelable.

Les représentants mentionnés aux 4°, 5° et 8° du même article sont nommés par arrêté du ministre des affaires étrangères.

Les représentants mentionnés au 6° du même article sont nommés par arrêté du ministre des affaires étrangères, sur proposition des fédérations de parents d'élèves, dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères. La représentativité des fédérations de parents d'élèves est évaluée au regard des informations collectées par le ministre concernant le nombre d'associations adhérentes de chaque fédération et le nombre de parents qu'elles représentent d'une part, la diversité d'établissements, de pays et de zones géographiques d'implantation de ces adhérents, d'autre part.

Les représentants mentionnés au 7° du même article sont nommés par arrêté du ministre des affaires étrangères, sur proposition des organisations syndicales, dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères.

En cas de vacance du siège d'un des membres mentionnés aux 4° à 8° du même article, le siège est pourvu dans un délai de trois mois et pour la durée du mandat restant à courir.

Les fonctions sont exercées à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour des administrateurs peuvent être pris en charge dans les conditions fixées par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le président du conseil d'administration peut être suppléé par l'un des représentants du ministre des affaires étrangères siégeant au conseil.

Chaque membre du conseil, à l'exception de son président, peut se faire représenter par un représentant pour les membres mentionnés au 3° et par un suppléant nommément désigné pour les membres mentionnés aux 4° à 8°. Les suppléants sont appelés à siéger en cas d'empêchement du titulaire ou en cas de vacance en cours de mandat jusqu'au remplacement du titulaire.

En cas d'empêchement du titulaire et de son suppléant ou de son représentant, un administrateur peut donner procuration à un autre membre du conseil. Nul ne peut être porteur de plus de deux procurations.

Les représentants qui siègent en qualité d'experts sans voix délibérative mentionnés au 2° de l'article L. 452-6 sont nommés par le ministre chargé des affaires étrangères, qui peut également nommer un suppléant. La durée de leur mandat est de dix-huit mois. Il est renouvelable.

En cas d'empêchement, et en l'absence de suppléant, un représentant qui siège en qualité d'expert sans voix délibérative peut donner mandat à un expert de son choix, présentant des compétences dans son domaine, qu'il propose au président du conseil d'administration.

Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président. Le président est tenu de convoquer le conseil sur demande du ministre des affaires étrangères ou du tiers des membres du conseil d'administration.
Le président fixe l'ordre du jour du conseil. Il est tenu d'inscrire à l'ordre du jour toute question que le ministre des affaires étrangères ou le ministre chargé de l'éducation lui demande d'y faire figurer. Il en va de même des demandes présentées par le tiers des membres du conseil d'administration.

Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration se réunit à nouveau dans un délai de quinze jours et délibère valablement sur le même ordre du jour, quel que soit le nombre de ses membres présents.
Les délibérations du conseil d'administration sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur à la majorité absolue des membres en exercice du conseil. Ce règlement est approuvé par le ministre des affaires étrangères et le ministre chargé de la coopération.

Le directeur général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger assistent avec voix consultative aux travaux du conseil d'administration.
Toute personne dont le président estime la présence utile peut également assister aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger délibère sur les matières suivantes :

1° La politique générale de l'établissement ;

2° Les orientations en matière de gestion des personnels ;

3° Les principes de répartition des emplois dont les titulaires sont rémunérés dans les conditions définies par le décret n° 2002-22 du 4 janvier 2002 relatif à la situation administrative et financière des personnels des établissements d'enseignement français à l'étranger ;

4° Les conventions types proposées aux établissements visés à l'article L. 452-4, et notamment destinées à déterminer les modalités dans lesquelles l'agence met ses concours en personnels et en financements à la disposition de ces établissements ; ces conventions types précisent notamment les responsabilités respectives de l'agence et des établissements quant aux modalités de financement des rémunérations des personnels tels que définis à l'article 2 du décret du 4 janvier 2002 précité ;

5° Le rapport annuel d'activité ;

6° Le budget ;

7° Le compte financier et l'affectation des résultats ;

8° Les placements et les emprunts ;

9° Les acquisitions, aliénations, échanges, locations, baux, constructions et grosses réparations d'immeubles relevant de son domaine propre ;

10° Le programme annuel des travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations des immeubles remis en dotation ainsi que la délivrance des autorisations d'occupation temporaire de ces immeubles. Les modifications apportées au programme des travaux en cours d'année font l'objet d'une régularisation par le conseil d'administration ;

11° Les principes selon lesquels sont déterminées les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'agence ;

12° Les dons et legs ;

13° Les transactions ;

14° L'habilitation du directeur général de l'agence à introduire les actions en justice.

Le conseil d'administration détermine les catégories de conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, lui sont soumises pour approbation.

Il fixe les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des immeubles remis en dotation.

Le directeur général de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger transmet les délibérations du conseil d'administration dans les dix jours qui suivent leur adoption au ministre des affaires étrangères. Lorsque la délibération présente un caractère pédagogique, elle est également transmise dans les mêmes conditions au ministre chargé de l'éducation.

Sauf opposition ou demande de surseoir à exécution adressée au directeur général de l'agence par le ministre des affaires étrangères, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après leur transmission. En cas d'urgence déclarée par le conseil d'administration, le ministre peut autoriser l'exécution immédiate.

Toutefois, les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les délibérations relatives aux emprunts ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.

Le directeur général de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est nommé pour trois ans par décret sur proposition du ministre des affaires étrangères.

Il est assisté d'un directeur général adjoint et d'un secrétaire général. Le directeur général adjoint supplée le directeur général de l'agence en cas de vacance ou d'empêchement.

Le directeur général de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger dirige l'établissement public national dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il assure le fonctionnement des services de l'agence. Il recrute, affecte et gère l'ensemble des personnels de l'agence sur lesquels il a autorité.

Il représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes de l'agence.

Dans le cadre du budget de l'agence approuvé par le conseil d'administration, il notifie les budgets des instituts régionaux de formation, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion d'établissements.

Il arrête le montant des frais de scolarité, des frais d'examen et des autres tarifs conformément aux principes fixés par le conseil d'administration.

Il procède à l'attribution des bourses scolaires dans les conditions prévues par le décret n° 91-833 du 30 août 1991 relatif aux bourses scolaires au bénéfice d'enfants français résidant avec leur famille à l'étranger.

Il conclut les contrats et conventions sous réserve des dispositions de l'article D. 452-8.

Le directeur général de l'agence définit les attributions des chefs d'établissement. Il peut déléguer aux chefs des instituts régionaux de formation, aux chefs des établissements en gestion directe ou à ceux des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1 tout ou partie de ses pouvoirs dans les domaines du recrutement et de la gestion des personnels, du fonctionnement des services, de la représentation de l'agence en justice et de la conclusion de conventions.

Il peut déléguer sa signature.