Toute personne morale de droit français ou toute personne physique de nationalité française qui souhaite entreprendre une activité de recherche scientifique marine adresse au représentant de l'Etat en mer, au plus tard six semaines avant le début projeté des travaux de recherche, une demande d'autorisation.
La demande d'autorisation comporte les éléments suivants :
1° L'identité du demandeur ;
2° La nature et les objectifs du projet de recherche ;
3° La méthode et les moyens qui seront utilisés, en précisant le nom, le tonnage, le type et la catégorie de navires, l'indication des installations et le descriptif du matériel scientifique mis en place ou utilisé pour la conduite de ce projet de recherche ;
4° Les zones géographiques précises où le projet sera exécuté ;
5° La durée prévisible des opérations de recherche et les dates prévues de la première arrivée et du dernier départ des navires de recherche ou celles de l'installation et du retrait du matériel de recherche, selon le cas.
Par dérogation au premier alinéa, lorsque la demande concerne une campagne de recherche devant se dérouler, en tout ou partie, dans l'une des zones relevant de la protection des intérêts de la défense nationale définies par arrêté du Premier ministre, la demande est adressée au plus tard deux mois avant le début des travaux au représentant de l'Etat en mer.

Le représentant de l'Etat en mer accuse réception de la demande mentionnée à l'article R. 251-2.
Il dispose d'un délai de quinze jours ouvrés à compter de la réception de la demande pour notifier au demandeur l'octroi de l'autorisation demandée, assortie, le cas échéant, de restrictions ou de prescriptions, ou le rejet, par décision motivée, de sa demande ou, s'il y a lieu, pour l'inviter à compléter celle-ci.
Lorsque la demande concerne une activité se situant, en tout ou partie, dans une zone relevant de la protection des intérêts de la défense nationale, le représentant de l'Etat en mer recueille l'accord de l'autorité militaire qui détermine également, le cas échéant, les conditions dans lesquelles le bénéficiaire peut publier les données recueillies dans cette zone. Le délai mentionné au deuxième alinéa est porté à vingt et un jours ouvrés.
L'autorisation délivrée précise, le cas échéant, les données à communiquer aux organismes mentionnés à l'article L. 251-3 et les modalités de cette communication, ainsi que les conditions dans lesquelles peuvent être publiées les données recueillies lors des campagnes de recherche se déroulant, en tout ou partie, dans une zone relevant de la protection des intérêts de la défense nationale.

Le silence gardé sur la demande d'autorisation par le représentant de l'Etat en mer, après expiration des délais mentionnés aux deuxième et troisième alinéas de l'article R. 251-3, vaut autorisation tacite pour toute demande d'autorisation concernant des activités de recherche scientifique marine entrant dans l'une des catégories suivantes :
1° Recherches menées par un service de l'Etat, d'une collectivité territoriale ou de la Nouvelle-Calédonie ;
2° Recherches menées par un établissement public ou un groupement d'intérêt public entrant dans le programme annuel de ses activités approuvé dans les conditions prévues par les statuts de cet organisme.
L'accord de l'autorité militaire, pour un projet situé dans une zone relevant de la protection des intérêts de la défense nationale, est alors réputé accordé.
Le représentant de l'Etat en mer précise au bénéficiaire de l'autorisation, s'il y a lieu, les données à communiquer aux organismes mentionnés à l'article L. 251-3 et les modalités de cette communication, ainsi que les conditions dans lesquelles peuvent être publiées les données recueillies lors des campagnes de recherche se déroulant, en tout ou partie, dans une zone relevant de la protection des intérêts de la défense nationale.

Le représentant de l'Etat en mer conserve à tout moment la possibilité d'assortir l'autorisation accordée de toute mesure nécessaire à la sécurité de la navigation maritime et à la préservation de l'environnement marin.
Il informe les ministres intéressés des autorisations qu'il délivre.

Toute modification substantielle du calendrier, du programme ou des moyens d'exécution de la campagne de recherche scientifique est portée sans délai à la connaissance du représentant de l'Etat en mer, en vue, le cas échéant, d'un réexamen du dossier et, si nécessaire, d'une nouvelle décision.
Ces dispositions s'appliquent pendant toute la durée de l'autorisation.

A tout moment, si les conditions d'exécution de la campagne de recherche scientifique ne sont pas conformes à ce qui avait été indiqué dans la demande, le représentant de l'Etat en mer peut mettre en demeure le bénéficiaire de produire des explications dans un délai qu'il fixe en fonction des circonstances et de l'urgence de la situation.
Si les explications attendues ne sont pas produites au terme de la mise en demeure ou si elles ne justifient pas la non-conformité à la déclaration initiale, l'autorisation est suspendue ou retirée par décision du représentant de l'Etat en mer.