L'administration centrale du ministère de la recherche est organisée conformément aux dispositions du décret n° 2014-133 du 17 février 2014 fixant l'organisation de l'administration centrale des ministères de l'éducation nationale, de la jeunesse et des sports et de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Le recteur de région académique fixe les orientations stratégiques des politiques de la région académique dans le domaine de la recherche, dans les conditions prévues par les dispositions de l'article R. 222-16 du code de l'éducation.
Conformément aux dispositions de l'article R. 222-24-2 du même code, il exerce les compétences en matière de recherche et d'innovation.
Dans les régions académiques mentionnées à l'article R. 222-16-3 du même code, il est assisté par un recteur délégué pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation.
Un délégué régional académique à la recherche et à l'innovation est placé sous l'autorité du recteur de région académique ou, par délégation de ce dernier, sous l'autorité du recteur délégué à l'enseignement supérieur, à la recherche et à l'innovation. Il exerce ses fonctions dans les conditions fixées par l'article R. 222-16-7 du même code.

Le délégué régional académique à la recherche et à l'innovation est responsable de la délégation régionale académique à la recherche et à l'innovation.
Il dispose de moyens et de personnels, notamment mis à disposition de la délégation par d'autres départements ministériels ou par des établissements publics ou des organismes d'enseignement supérieur ou de recherche.
Il peut être assisté par un ou plusieurs délégués régionaux académiques adjoints à la recherche et à l'innovation. Le délégué régional académique adjoint est placé sous l'autorité directe du délégué régional académique.

Le délégué régional académique à la recherche et à l'innovation exerce les missions suivantes :
1° Il vérifie la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt recherche et apprécie le caractère scientifique et technique du projet de recherche présenté pour la qualification de jeune entreprise innovante ;
2° Il développe les actions de valorisation, organise les transferts de technologies de la recherche publique vers les entreprises et encourage la diffusion des nouvelles technologies vers les petites et moyennes entreprises ;
3° Il accompagne les initiatives territoriales visant à développer et diffuser la culture scientifique, technique et industrielle et veille à leur articulation avec la stratégie nationale. Il assure le relais, dans la région, des actions mises en œuvre par l'Etat dans ce domaine ;
4° Il propose la répartition et l'attribution de subventions dans les domaines de la recherche, de la technologie, de l'innovation et de la culture scientifique, technique et industrielle dans la région académique. Ces subventions sont examinées par le comité de l'administration régionale ;
5° Il concourt, avec les services déconcentrés de l'Etat compétents, à la mise en œuvre des mesures visant à développer la recherche et l'innovation et à promouvoir l'emploi scientifique dans les entreprises ;
6° Il participe au dispositif régional d'intelligence économique sous l'autorité du préfet de région ainsi qu'à la chaîne de sécurité concourant à la protection du patrimoine scientifique et technologique de la Nation ;
7° Il contribue à la " stratégie de recherche et d'innovation pour une spécialisation intelligente " mise en œuvre par la région, la collectivité de Corse ou, en outre-mer, la collectivité chargée de ces questions et élaborée dans le cadre de la mise en place des programmes opérationnels européens ;
8° Il instruit les projets de recherche, de transfert et de diffusion technologiques, en particulier dans le cadre des programmes européens, et contribue à leur évaluation.

Toute vacance des fonctions de délégué régional académique à la recherche et à l'innovation ou de délégué régional académique adjoint à la recherche et à l'innovation fait l'objet d'un avis de vacance publié au bulletin officiel des ministères chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation, ainsi que sur l'espace numérique commun aux trois fonctions publiques dans les conditions prévues par le décret n° 2018-1351 du 28 décembre 2018 relatif à l'obligation de publicité des emplois vacants sur un espace numérique commun aux trois fonctions publiques.
Les candidatures sont adressées au recteur de région académique dans un délai de trente jours à compter de la publication de l'avis de vacance. En cas d'urgence, la durée de publication de l'avis de vacance peut être ramenée à quinze jours.
Le recteur de région académique dresse la liste des candidats, qu'il communique au préfet de région. Cette liste, accompagnée des avis du recteur de région académique et du préfet de région, est transmise par le recteur de région académique aux ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation.

Peuvent être nommés délégué régional académique ou délégué régional académique adjoint à la recherche et à l'innovation les fonctionnaires de catégorie A ou assimilés, les officiers, les agents contractuels d'un niveau équivalent, ainsi que les personnes qui n'ayant pas la qualité d'agent public remplissent les conditions générales d'accès à la fonction publique et ont exercé des fonctions d'un niveau comparable à celles dévolues aux fonctionnaires, choisis en raison de leur compétence en matière de recherche et d'innovation.

Les délégués régionaux académiques à la recherche et à l'innovation et les délégués régionaux académiques adjoints à la recherche et à l'innovation sont nommés par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation pour une durée de trois ans.
Trois mois au moins avant l'expiration de la période pour laquelle ils ont été nommés, les délégués régionaux académiques ou les délégués régionaux académiques adjoints peuvent demander à être reconduits dans leurs fonctions.
Le renouvellement est soumis à l'avis préalable du recteur de région académique et du préfet de région. La durée totale d'exercice des fonctions ne peut excéder six ans consécutifs dans la même région académique.

Prévoient une mission de recherche, au titre de l'article L. 112-6 du présent code, les statuts des établissements publics suivants :
1° Universités et instituts nationaux polytechniques mentionnés à l'article D. 711-1 du code de l'éducation ;
2° Instituts et écoles extérieurs aux universités mentionnés à l'article D. 711-2 du même code ;
3° Grands établissements mentionnés à l'article D. 711-3 du même code ;
4° Ecoles françaises à l'étranger mentionnées à l'article D. 711-4 du même code ;
5° Ecoles normales supérieures mentionnées à l'article D. 711-5 du même code ;
6° Communautés d'universités et établissements mentionnées à l'article D. 711-6 du même code ;
7° Etablissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel expérimentaux, mentionnés aux articles D. 711-6-1 et D. 711-6-2 du même code ;
8° Ecoles d'ingénieurs mentionnées aux articles D. 741-5 et D. 741-7 du même code ;
9° Instituts d'études politiques mentionnés à l'article D. 741-9 du même code ;
10° Etablissements publics à caractère administratif mentionnés à l'article D. 741-12 du même code ;
11° Ecoles nationales supérieures d'architecture mentionnées à l'article D. 752-5 du même code ;
12° Ecoles supérieures militaires mentionnées à l'article D. 755-1 du même code ;
13° Etablissements d'enseignement supérieur de la création artistique dans le domaine du spectacle vivant mentionnés à l'article D. 759-4 du même code ;
14° Etablissements d'enseignement supérieur d'arts plastiques mentionnés à l'article D. 759-8 du même code ;
15° Etablissements d'enseignement supérieur de la création artistique dans le domaine du cinéma et de la communication audiovisuelle mentionnés à l'article D. 75-10-1 du même code ;
16° Etablissements publics d'enseignement supérieur agricole mentionnés à l'article D. 812-1 du code rural et de la pêche maritime ;
17° Etablissements publics de santé relevant de l'article L. 6141-1 du code de la santé publique, et participant à la recherche et à l'innovation en santé en application du sixième alinéa de l'article L. 6111-1 du même code ;
18° Musées nationaux figurant sur la liste établie en application de l'article D. 421-5 du code du patrimoine ;
19° Etablissements publics à caractère administratif et établissements publics à caractère industriel et commercial mentionnés au livre III du présent code ;
20° Etablissements publics à caractère administratif des parcs nationaux mentionnés à l'article R. 331-85 du code de l'environnement.

Prévoient également une mission de recherche, au titre de l'article L. 112-6 du présent code, les statuts des établissements publics suivants :
1° Académie nationale de médecine régie par le décret n° 2014-1678 du 30 décembre 2014 portant approbation des statuts de l'Académie nationale de médecine ;
2° Académie nationale de pharmacie régie par le décret n° 2016-813 du 17 juin 2016 approuvant les statuts de l'Académie nationale de pharmacie ;
3° Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail mentionnée à l'article L. 1313-1 du code de la santé publique ;
4° Bibliothèque publique d'information mentionnée à l'article R. 342-1 du code du patrimoine ;
5° Centre d'enseignement zootechnique de Rambouillet mentionné à l'article D. 211-12 du code de l'éducation ;
6° Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement régi par le décret n° 2013-1273 du 27 décembre 2013 relatif au Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement (CEREMA) ;
7° Centre européen de recherches préhistoriques de Tautavel, établissement public de coopération culturelle à caractère administratif créé sur le fondement de l'article L. 1431-1 du code général des collectivités territoriales ;
8° Centre des monuments nationaux mentionné à l'article L. 141-1 du code du patrimoine ;
9° Centre national de la danse régi par le décret n° 98-11 du 5 janvier 1998 portant création de l'établissement public du Centre national de la danse ;
10° Centre national de la propriété forestière mentionné à l'article L. 321-1 du code forestier ;
11° Domaine national de Chambord régi par le décret n° 2005-703 du 24 juin 2005 relatif au Domaine national de Chambord ;
12° Ecole du Louvre régie par le décret n° 97-1085 du 25 novembre 1997 relatif à l'Ecole du Louvre ;
13° Ecole nationale d'administration pénitentiaire mentionnée à l'article R. 112-43 du code pénitentiaire ;
14° Ecole nationale de la magistrature régie par le décret n° 72-355 du 4 mai 1972 relatif à l'Ecole nationale de la magistrature ;
15° Etablissement public de la Cité de la musique-Philharmonie de Paris régi par le décret n° 2015-1178 du 24 septembre 2015 relatif à l'établissement public de la Cité de la musique-Philharmonie de Paris ;
16° Institut français régi par le décret n° 2010-1695 du 30 décembre 2010 relatif à l'Institut français ;
17° Institut français du cheval et de l'équitation mentionné à l'article R. 653-13 du code rural et de la pêche maritime ;
18° Institut national de l'information géographique et forestière régi par le décret n° 2011-1371 du 27 octobre 2011 relatif à l'Institut national de l'information géographique et forestière ;
19° Institut national du service public régi par le décret n° 2021-1556 du 1er décembre 2021 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Institut national du service public ;
20° Météo-France, régi par le décret n° 93-861 du 18 juin 1993 portant création de l'établissement public Météo-France ;
21° Mobilier national-Manufactures nationales des Gobelins, de Beauvais et de la Savonnerie-Ateliers-conservatoires d'Alençon et du Puy-en-Velay régi par le décret n° 2021-1890 du 29 décembre 2021 portant création de l'établissement public Mobilier national-Manufactures nationales des Gobelins, de Beauvais et de la Savonnerie-Ateliers-conservatoires d'Alençon et du Puy-en-Velay ;
22° Office français de la biodiversité mentionné à l'article L. 131-8 du code de l'environnement ;
23° Office national des forêts mentionné à l'article L. 221-1 du code forestier ;
24° Service hydrographique et océanographique de la marine (SHOM) mentionné à l'article R. 3416-1 du code de la défense.

Les organismes publics et services à compétence nationale suivants exercent également une mission de recherche publique :
1° Académies constituant l'Institut de France ;
2° Bureau des longitudes ;
3° Ecole nationale de la protection judiciaire de la jeunesse ;
4° Groupe d'étude et de contrôle des variétés et des semences ;
5° Institut agronomique méditerranéen de Montpellier ;
6° Institut franco-allemand de recherches de Saint-Louis ;
7° Service interministériel des archives de France ;
8° Structures de recherche relevant du ministère de la culture en application du III de l'article D. 239-1 du code de l'éducation.

Les établissements d'enseignement supérieur privés associés à un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel mentionnés à l'article D. 731-6 du code de l'éducation, les établissements d'enseignement supérieur privés relevant du 1° de l'article L. 813-10 du code rural et de la pêche maritime et les établissements d'enseignement supérieur privés d'intérêt général, au sens de l'article L. 732-1 du code de l'éducation et de l'article L. 813-11 du code rural et de la pêche maritime, exercent également une mission de recherche publique.
Il en est de même des fondations reconnues d'utilité publique ayant pour activité principale la recherche publique dont les noms suivent :
1° Institut Curie ;
2° Institut Pasteur ;
3° Institut Pasteur de Lille ;
4° Fondation Jean Dausset - Centre d'étude du polymorphisme humain.