L'Agence nationale de la cohésion des territoires est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

A compter du 1er janvier 2021, l'agence tient une comptabilité analytique dans les conditions prévues à l'article 209 de ce décret.

L'agence dispose des ressources prévues à l'article L. 1233-1.

A ce titre, elle est soumise, pour ses emprunts, aux règles fixées par le I de l'article 12 de la loi n° 2010-1645 du 28 décembre 2010 de programmation des finances publiques pour les années 2011 à 2014. Elle perçoit également les dividendes et résultats de ses filiales et des sociétés au capital desquelles elle a pris des participations.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.

Par délibération, le conseil d'administration peut décider la création de budgets annexes, qui sont soumis aux mêmes règles de préparation, de vote et d'exécution que le budget principal.