L'examen des questions individuelles relatives au recrutement, à l'affectation et à la carrière des enseignants-chercheurs est assuré par un conseil constitué des représentants élus des enseignants-chercheurs et personnels assimilés du conseil d'administration, du conseil de la recherche et du conseil de la formation et de la vie universitaire dans les conditions fixées par l'article L. 952-6 du code de l'éducation. Ce conseil est également consulté sur le recrutement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.

Une commission « éthique et déontologie », placée auprès du directeur, peut être consultée sur le respect des principes déontologiques inhérents à l'exercice de toute fonction au sein de l'école, notamment les principes d'impartialité, de probité, de dignité, d'éthique, de neutralité, de laïcité et de prévention des conflits d'intérêts. La composition et les modalités de fonctionnement de cette commission sont déterminées par le règlement intérieur.

A l'égard des enseignants-chercheurs et enseignants, une formation disciplinaire dont les membres sont élus par et parmi les représentants élus des enseignants-chercheurs et des enseignants au conseil d'administration, au conseil de la recherche et au conseil de la formation et de la vie universitaire, répartis entre leurs collèges électoraux respectifs, exerce le pouvoir disciplinaire conféré par l'article L. 712-6-2 du code de l'éducation à la section disciplinaire du conseil académique.
A l'égard des usagers, le pouvoir disciplinaire prévu à l'article L. 811-5 du même code est exercé par une formation disciplinaire dont les membres sont élus par et parmi les représentants élus des enseignants-chercheurs et des enseignants ainsi que des usagers titulaires et suppléants au conseil d'administration, au conseil de la recherche et au conseil de la formation et de la vie universitaire, répartis selon leurs collèges électoraux respectifs.
Ces formations disciplinaires sont constituées dans les condition fixées par les dispositions des articles R. 712-9 à R. 712-46 et R. 811-10 à R. 811-42 du code de l'éducation, pour l'application desquelles la référence au conseil académique est remplacée par la référence au conseil d'administration, au conseil de la recherche et au conseil de la formation et de la vie universitaire.