La commission consultative paritaire est présidée par le directeur des ressources humaines. En cas d'empêchement, le président désigne, pour le remplacer, un autre représentant de l'administration, membre de la commission consultative paritaire. Il en est fait mention au procès-verbal de la réunion.
La commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur, qui doit être soumis à l'approbation des ministres chargés des solidarités, de la santé, du travail et de l'emploi.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis aux membres de la commission et approuvé par eux dans les conditions fixées par le règlement intérieur.

La commission se réunit sur convocation de son président, à son initiative ou, dans un délai maximal de deux mois, à la demande écrite de la majorité des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

La commission émet son avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité administrative compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Lorsque la commission est appelée à se prononcer sur une sanction disciplinaire ou un licenciement, elle s'assure que l'agent intéressé a été mis à même de prendre connaissance de son dossier avant la réunion, qu'il a été informé de la possibilité de se faire entendre par la commission, de se faire assister ou représenter par un défenseur de son choix et de demander l'audition de témoins. Même si l'intéressé n'a pas usé des possibilités qui lui sont offertes ou s'il n'a pas déféré à la convocation qui lui a été adressée de se présenter devant la commission, celle-ci siège valablement.

Lorsque la commission évoque la situation d'un représentant du personnel siégeant en tant que titulaire, il est fait appel à son représentant suppléant ou, à défaut, à un autre représentant suppléant appartenant à la même organisation syndicale. Si, pour une organisation syndicale, aucun représentant titulaire ou suppléant ne peut siéger, il est procédé à un tirage au sort parmi les contractuels visés à l'article 1er du présent arrêté. Si les agents ainsi désignés n'acceptent pas de siéger, les sièges vacants des représentants du personnel sont attribués à des représentants de l'administration.

Les séances de la commission consultative paritaire ne sont pas publiques.

Toutes facilités doivent être données à la commission consultative paritaire par l'administration pour lui permettre de remplir ses attributions. En outre, communication doit lui être donnée de tous les documents et pièces nécessaires à l'accomplissement de sa mission, huit jours au moins avant la date de la séance. Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel, titulaires ou suppléants, pour leur permettre de participer aux réunions de la commission sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission. La durée de l'autorisation d'absence ne peut toutefois excéder deux journées.
Les membres de la commission et les experts sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté et le règlement intérieur de la commission prévu au deuxième alinéa de l'article 13 du présent arrêté.
En outre, les trois quarts au moins de ses membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.

Les membres titulaires et suppléants de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans la commission. Lorsqu'ils siègent avec voix délibérative, ils sont indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.