L'autorité d'emploi est responsable des convocations des militaires au centre médical du service de santé des armées pour y réaliser la visite médicale périodique, selon un calendrier arrêté en concertation avec le médecin commandant le centre médical du service de santé des armées de rattachement.
Pour chaque militaire convoqué en visite médicale périodique, l'autorité d'emploi transmet au centre médical du service de santé des armées dont il dépend, une fiche de présentation en visite médicale périodique. Ce document, dont le modèle est fixé par instruction, précise l'emploi tenu ou à pourvoir, les risques professionnels identifiés et l'ensemble des aptitudes médicales susceptibles de se révéler nécessaires jusqu'à la prochaine visite médicale périodique.

Le contenu de la visite médicale périodique est fixé par instruction du service de santé des armées.
Si nécessaire, les éventuels actes médicaux, examens complémentaires et consultations spécialisées sont prescrits lors de la visite médicale périodique, dès lors qu'ils sont :

- indispensables à la détermination de l'aptitude médicale ou à la mise en condition médicale règlementaire ;
- ou justifiés par l'investigation d'anomalies découvertes lors de l'examen médical ;
- ou conseillés dans le cadre d'actions de santé publique.

Dans le premier cas, les avis et examens nécessaires sont demandés en priorité au centre médical du service de santé des armées de rattachement ou au praticien des armées ayant les compétences attendues le plus proche géographiquement du lieu d'affectation. Les avis et examens sont pris en charge par les FAFR.
Dans les deux derniers cas, le financement des actes est à la charge des organismes de protection sociale. Le médecin examinateur respecte le droit du militaire de choisir librement son médecin pour réaliser ces explorations.

Lors de la conclusion de la visite médicale périodique, le médecin des armées communique clairement ses constatations et ses conclusions au militaire examiné. L'information porte sur son état de santé et l'aptitude médicale qui en découle ainsi que sur les mesures de surveillance, d'hygiène individuelle, de prévention et de prophylaxie qui apparaissent opportunes au maintien ou à l'amélioration de sa santé et, le cas échéant, sur les modalités de contestation des conclusions en matière d'aptitude médicale définies aux articles 23 et suivants.

Les conclusions médico-administratives de la visite médicale périodique sont portées sur un certificat médico-administratif d'aptitude dont le modèle est fixé par instruction, ne mentionnant pas le profil médical. Les conclusions peuvent être l'aptitude, l'aptitude par dérogation aux normes médicales (en précisant les références de la décision administrative de dérogation) ou l'inaptitude. Le médecin des armées peut décider d'une réévaluation de tout ou partie des conclusions prononcées avant la périodicité des quarante-huit mois. Dans ce cas, il précise la période au terme de laquelle elles devront être réévaluées.

Ce certificat est remis à l'intéressé et transmis à l'autorité d'emploi.