Les agents qui, au moment de leur nomination dans un emploi de préfet ou de sous-préfet, ont la qualité de fonctionnaire, militaire ou magistrat de l'ordre judiciaire sont placés en position de détachement de leur corps ou cadre d'emplois d'origine.
Dans les autres cas, un contrat écrit est établi entre l'autorité de recrutement et l'agent concerné. Ce contrat est conclu pour une durée maximale de deux ans, renouvelable dans la limite d'une durée totale de cinq ans dans un même emploi. Il comporte une période probatoire d'une durée maximale de six mois.
Pendant la durée de leur contrat, les agents contractuels nommés dans un emploi de préfet ou de sous-préfet sont soumis aux dispositions des articles 2, 4, du I et du II de l'article 10, des articles 12 à 18, 25 à 27, du I et du III de l'article 28, des articles 31-1, 43 à 44, 44-1 et 51 à 56 du décret du 17 janvier 1986 susvisé.
Les personnes nommées dans un emploi de préfet ou de sous-préfet qui avaient, avant leur nomination, la qualité d'agent public contractuel bénéficient de plein droit d'un congé de mobilité d'une durée identique à celle prévue pour cette nomination.
A l'issue de ce congé ou s'il cesse pour des motifs autres que disciplinaires, l'agent public contractuel en ayant bénéficié est réemployé dans les conditions prévues à l'article 33-2-1 du même décret.

En application de l'article L. 414-3 du code général de la fonction publique, les articles L. 114-1, L. 114-2, L. 612-1 à L. 612-8 et L. 612-10 de ce code et les textes pris pour leur application ne sont pas applicables aux agents occupant les emplois de préfet et de sous-préfet. L'article L. 521-1 du même code n'est pas applicable aux agents occupant les emplois de préfet.

Conformément à l'article L. 412-2 du code général de la fonction publique, les préfets et sous-préfets bénéficient, à différents moments de leur parcours professionnel, d'une évaluation collégiale, assurée par le Conseil supérieur de l'appui territorial et de l'évaluation. Cette évaluation porte notamment sur l'aptitude des intéressés à exercer des responsabilités d'encadrement. Elle respecte les orientations fixées par les lignes directrices de gestion interministérielle.

Le retrait d'emploi ou l'expiration de la durée maximale d'exercice dans un emploi de préfet et de sous-préfet prévue aux articles 2 et 8 conduisent à une réintégration dans le corps ou cadre d'emplois d'origine ou, pour les agents n'ayant pas la qualité de fonctionnaire, au non-renouvellement du contrat ou au licenciement.

Les personnes qui ont occupé un emploi de préfet ou de sous-préfet dans un département ou une collectivité territoriale régie par l'article 74 de la Constitution ne peuvent servir dans ce même département ou collectivité auprès d'une collectivité territoriale, d'un groupement de collectivités territoriales, d'un de leurs établissements publics ou d'un organisme en dépendant pendant un délai de deux ans suivant le terme de leurs fonctions. Dans ce même délai, elles ne peuvent servir auprès de la région dont ce département fait partie, auprès d'un des établissements publics de cette région ou d'un organisme en dépendant.
Les personnes qui ont servi auprès d'une collectivité territoriale ou d'un groupement de collectivités territoriales d'un département ou d'une collectivité territoriale régie par l'article 74 de la Constitution, d'un de leurs établissements publics ou d'un organisme en dépendant ne peuvent, pendant un délai de deux ans suivant le terme de cette affectation, occuper un emploi de préfet ou de sous-préfet dans ce département ou cette collectivité. Dans ce même délai, les personnes qui ont servi auprès d'une région, d'un de ses établissements publics ou d'un organisme en dépendant ne peuvent, pendant un délai de deux ans suivant le terme de cette affectation, occuper un emploi de préfet ou de sous-préfet dans cette région.