Le médecin du travail peut réaliser, prescrire ou recommander les examens complémentaires nécessaires :
1° A la détermination de la compatibilité entre le poste de travail et l'état de santé de l'agent, notamment au dépistage des affections pouvant entraîner une contre-indication à ce poste de travail ;
2° Au dépistage d'une maladie professionnelle ou à caractère professionnel susceptible de résulter de l'activité de l'agent ;
3° Au dépistage des maladies dangereuses pour l'entourage professionnel ou pour des tiers évoluant dans l'environnement immédiat de travail de l'agent.
Les examens complémentaires ainsi prescrits sont à la charge financière du service de santé des armées. Ils sont réalisés dans des conditions garantissant le respect de leur anonymat.
Dans le respect du secret médical, le médecin du travail informe le chef d'organisme de tous risques d'épidémie.

Le médecin du travail ne peut constater l'inaptitude médicale de l'agent à son poste de travail qu'à la condition de respecter l'ensemble des dispositions suivantes :
1° Avoir réalisé au moins un examen médical de l'intéressé, accompagné, le cas échéant, des examens complémentaires, permettant un échange sur les mesures d'aménagement, d'adaptation ou la nécessité de proposer un changement de poste ;
2° Avoir réalisé ou fait réaliser une étude de ce poste ;
3° Avoir réalisé ou fait réaliser une étude des conditions de travail dans l'organisme et indiqué la date à laquelle la fiche d'établissement a été actualisée ;
4° Avoir procédé à un échange, par tout moyen, avec le chef d'organisme ou son représentant.
Ces échanges avec le chef d'organisme ou son représentant et l'agent permettent à ceux-ci de faire valoir leurs observations sur les avis et les propositions que le médecin du travail entend adresser.
S'il estime un second examen nécessaire pour rassembler les éléments permettant de motiver sa décision, le médecin réalise ce second examen dans un délai qui n'excède pas quinze jours après le premier examen. La notification de l'avis médical d'inaptitude intervient au plus tard à cette date. L'avis d'inaptitude rendu par le médecin du travail est éclairé par des conclusions écrites, assorties d'indications relatives au reclassement de l'agent.
Le médecin du travail peut mentionner dans cet avis que tout maintien de l'agent dans son poste serait gravement préjudiciable à sa santé ou que l'état de santé de l'agent fait obstacle à tout reclassement dans un autre poste. Cet avis est inséré dans le dossier médical prévu à l'article 30 du présent arrêté.

Les visites d'information et de prévention et l'examen médical d'aptitude du suivi individuel renforcé donnent lieu à l'ouverture d'un dossier médical en santé au travail. Ce dossier retrace notamment les informations relatives à l'état de santé, les expositions auxquelles a été soumis l'agent ainsi que les avis du médecin du travail tout au long de sa carrière professionnelle. Ce dossier est constitué par un professionnel de santé mentionné à l'article 10 du présent arrêté sous la responsabilité du médecin du travail dans les conditions prévues à l'article L. 4624-8 du code du travail. La tenue de ce dossier garantit les règles de confidentialité et du secret professionnel.

En cas de changement de service de médecine de prévention assurant le suivi d'un agent, son dossier médical en santé au travail est communiqué au médecin du travail pour assurer la continuité de la prise en charge, sous réserve du recueil du consentement préalable de l'agent.