Le directeur de chaque institut est nommé par décret.
Il est assisté de deux directeurs de département de formation et d'un secrétaire général.

Le directeur prend toutes mesures utiles pour l'exécution des délibérations du conseil d'administration et le fonctionnement de l'institut. Il peut déléguer sa signature.
Il représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'institut.
Il nomme les membres du personnel enseignant de l'institut ainsi qu'à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
Le directeur établit le règlement intérieur. Celui-ci est soumis à l'avis du conseil d'administration et approuvé par le ministre chargé de la fonction publique.

En cas d'absence ou d'empêchement d'une durée supérieure à trente jours, en dehors des périodes de congé annuel, le ministre chargé de la fonction publique désigne le fonctionnaire chargé d'assurer l'intérim du directeur, après avis du président du conseil d'administration. Le conseil d'administration en est informé à l'occasion de sa prochaine réunion.