L'établissement public est soumis, en matière de gestion financière et comptable, aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il est tenu d'établir ses comptes selon le plan comptable général et, pour ses comptes consolidés, dans les conditions prévues aux articles L. 233-16 et suivants du code de commerce. Ses disponibilités sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Chaque année, l'établissement public établit son budget pour l'année suivante ainsi que, dès lors que les conditions prévues à l'article L. 233-16 et suivants du code de commerce sont remplies, un budget consolidé, comprenant :

1° Un compte d'exploitation prévisionnel ;

2° Un budget d'investissements ;

3° Un budget d'interventions ;

4° Un plan de financement faisant apparaître les dotations publiques, les recettes affectées, les ressources d'emprunt et autres ressources destinées au financement de l'établissement et de ses filiales et des sociétés dans lesquelles il détient des participations définies au premier alinéa de l'article 5.

Les documents mentionnés à l'article 14 sont arrêtés par le conseil d'administration de l'établissement public avant le 31 décembre de l'année précédant l'exercice en cause et peuvent être modifiés en cours d'année selon les mêmes procédures.
Toutefois, en cas de nécessité, le président du conseil d'administration peut procéder à des révisions de ces documents, à condition qu'elles ne comportent pas d'augmentation du montant total des dépenses, ni de transferts entre les différents budgets mentionnés à l'article 14. Il en rend compte au conseil d'administration lors de la première séance qui suit cette décision.

Le conseil d'administration arrête, avant le 30 avril de chaque année, les comptes de l'année écoulée ainsi qu'un rapport d'activité présentant notamment son action en faveur des petites et moyennes entreprises et des entreprises innovantes. Ce rapport est transmis aux ministres chargés de l'économie, de l'industrie, de la recherche et du budget.

Le président du conseil d'administration de l'établissement public Bpifrance est informé dans un délai de quinze jours des conventions passées par l'Etat avec la société anonyme Bpifrance et les filiales et sociétés dans lesquelles la société anonyme Bpifrance détient directement ou indirectement plus de la moitié du capital, en vue de l'exécution par ces dernières de missions de service public et des conventions passées avec l'Etat.
Les administrateurs de l'établissement public sont informés de ces conventions lors du conseil d'administration qui suit leur signature.

Le contrôle des comptes individuels et consolidés de l'établissement public Bpifrance est assuré par deux commissaires aux comptes et deux suppléants, désignés par le conseil d'administration. Ils exercent leurs fonctions conformément à la législation en vigueur pour les sociétés anonymes.

L'exercice comptable de l'établissement public Bpifrance commence au 1er janvier de l'année et se termine au 31 décembre.