Le directeur général est un officier général ; il est nommé par décret en conseil des ministres sur le rapport du ministre de la défense après avis du président du conseil d'administration.

I. - Le directeur général assure, sous l'autorité du président, la direction générale de l'école. A ce titre, il participe à la préparation et à la mise en œuvre des décisions du conseil d'administration. Il assiste le président pour la préparation et le suivi de l'exécution des contrats pluriannuels avec l'Etat.
II. - Le directeur général assure notamment les missions suivantes :
1° Il gère le personnel civil et militaire de l'école ;
2° Il nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'est compétente ;
3° Il est responsable de la formation humaine et militaire des élèves ;
4° Il est responsable de la discipline générale au sein de l'établissement ;
5° Il veille au respect des mesures de sécurité dans l'enceinte de l'école ;
6° Il est responsable de la démarche qualité et d'amélioration continue.
Dans les domaines relevant de sa compétence, il peut déléguer sa signature.

Le directeur général assure le commandement militaire de l'Ecole polytechnique. A ce titre, il est responsable, devant le ministre de la défense, de l'observation des règlements militaires à l'intérieur de l'école et de la formation militaire des élèves pour le temps où ils sont sous son commandement. Il dispose des prérogatives conférées à l'autorité militaire de deuxième niveau par l'article R. 4137-10 du code de la défense.

Le secrétaire général est nommé dans les conditions prévues par le décret du 9 janvier 2012 susvisé, sur proposition du directeur général.
Il assiste le directeur général dans ses fonctions, notamment en assurant la direction des services administratifs, financiers et généraux de l'école.

Le directeur de la formation humaine et militaire est un officier supérieur.
Sous l'autorité du directeur général, il est chargé de la formation humaine et militaire des élèves, de la notation et de la discipline du personnel militaire. Il contribue à la gestion du personnel militaire de l'école.
Il dispose des prérogatives conférées à l'autorité militaire de premier niveau par l'article R. 4137-10 du code de la défense.