L'établissement est soumis, en matière de gestion financière et comptable, aux règles applicables aux sociétés industrielles et commerciales.

Les comptes de l'établissement sont certifiés par un commissaire aux comptes.

L'établissement tient une comptabilité analytique de ses activités.

Ses disponibilités sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget primitif est préparé par le directeur général et adopté par le conseil d'administration dans des délais permettant qu'il soit exécutoire au 1er janvier de l'exercice auquel il se rapporte.
Lorsque le budget n'est pas adopté par le conseil d'administration ou que la délibération du conseil d'administration, dans les conditions prévues au I de l'article 10, n'a pas été rendue exécutoire à la date d'ouverture de l'exercice, le directeur général peut exécuter temporairement les opérations de recettes ainsi que les opérations de dépenses strictement nécessaires à la continuité des activités de l'établissement, dans la limite du budget primitif de l'exercice précédent.

Les ressources de l'établissement sont celles mentionnées à l'article 3 de la loi du 27 juillet 2010 susvisée.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les dépenses d'acquisition et d'entretien de biens mobiliers et immobiliers ;
4° De façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'accomplissement de ses missions.