L'enseignement est assuré principalement par des directeurs des services de greffe ou des greffiers affectés à l'Ecole nationale des greffes. Le directeur peut faire appel à des intervenants extérieurs ou à des prestataires privés recrutés par la voie de marchés publics.

A la demande du directeur des services judiciaires, l'Ecole nationale des greffes donne un avis sur la définition des orientations de la politique de formation continue des fonctionnaires des services judiciaires.
Sur la base de ces orientations, l'Ecole nationale des greffes établit un programme annuel de formation professionnelle, décliné en sessions de formation, qui se fonde sur les besoins en compétences de l'administration et sur les projets professionnels et personnels des agents.
Par ailleurs, l'école assure un soutien pédagogique auprès des services administratifs régionaux des cours d'appel dans le cadre de la formation continue régionale.

Le directeur de l'Ecole nationale des greffes est responsable de la mise en œuvre du programme de formation, de l'organisation des enseignements, de la pédagogie, du choix des intervenants et des autres organismes de formation auxquels il peut recourir ainsi que de l'organisation des épreuves d'évaluation.