Les membres titulaires et suppléants de la commission sont nommés par arrêté du directeur général de l'agence régionale de santé pilote de l'interrégion.
La durée de leur mandat est de cinq années à l'exception des représentants des internes, qui sont nommés pour une durée d'une année renouvelable, sous réserve de leur maintien sous le statut au titre duquel ils sont désignés.
Lorsque la défaillance d'un membre ou de son suppléant survient avant l'expiration de la période pour laquelle il a été nommé, il est pourvu à son remplacement dans un délai de deux mois et pour la durée restant à courir jusqu'au prochain renouvellement.

Le représentant des internes est nommé sur proposition de la ou des organisations représentatives des internes dans l'interrégion.
A défaut, le représentant des internes est désigné par et parmi les internes élus à une commission médicale d'établissement d'un centre hospitalier universitaire de l'interrégion.