Les règles d'assiduité et d'appréciation du travail, ainsi que les obligations de toutes les catégories d'élèves en matière de discipline sont fixées par le règlement intérieur.

Le décret n° 94-874 du 7 octobre 1994 modifié fixe les sanctions disciplinaires applicables aux élèves fonctionnaires de l'école. Ces sanctions sont prononcées par le ministre chargé du développement durable, à l'exception de l'avertissement, qui est prononcé par le directeur de l'école.

Dans les cas graves et urgents, le directeur de l'Ecole nationale des sciences géographiques peut proposer la suspension d'un élève au ministre chargé du développement durable.

Les sanctions disciplinaires applicables aux élèves non destinés à l'IGN sont :

1. L'avertissement ;

2. Le blâme ;

3. L'exclusion temporaire pour une durée qui ne peut excéder trois mois ;

4. L'exclusion définitive.

Les sanctions, sauf l'avertissement, sont prononcées par le ministre chargé du développement durable après avis de la commission d'enseignement, siégeant en conseil de discipline. Le directeur de l'école aura au préalable entendu les explications de l'intéressé, qui peut se faire assister d'une personne de son choix.

L'arrêté du 23 décembre 1975 fixant les conditions d'organisation et de fonctionnement de l'Ecole nationale des sciences géographiques et l'arrêté du 26 juillet 1995 précisant les modalités d'application de l'arrêté du 23 décembre 1975 sont abrogés.