Les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et la gare ou l'aéroport, ainsi que ceux exposés sur le lieu de la mission sont remboursés sur production des justificatifs de la dépense.
En l'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, l'agent peut bénéficier du remboursement de ses frais de taxi sur production d'un justificatif de paiement ou s'il utilise son véhicule personnel être indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.
Sur présentation des pièces justificatives, les frais de parc de stationnement, dans la limite de 5 jours consécutifs, ainsi que le péage d'autoroute sont également remboursables.

En l'absence de tout autre moyen de transport adapté, les frais de location d'un véhicule peuvent donner lieu à remboursement sur autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur présentation des pièces justificatives, dans les cas suivants :
- économie ou gain de temps ;
- absence occasionnelle ou permanente de transports en commun ;
- obligation de transporter du matériel lourd ou encombrant, attestée sur l'ordre de mission ;
- situations de handicaps permanents ou temporaires ;
- missions ou formations communes d'agents se rendant ensemble dans un même lieu ;
- véhicules de service indisponibles.

Sur autorisation expresse du directeur de l'ENIM ou de son représentant, en cas de déplacement urgent et non prévisible et d'impossibilité d'utiliser les transports en commun, l'utilisation du taxi peut donner lieu à remboursement sur présentation du justificatif de la dépense.