Le siège de la Cour est à Montreuil.
Les chambres territoriales ont leur siège à Bordeaux, Lyon, Marseille, Nancy, Nantes et Toulouse. Leur ressort est fixé par arrêté du vice-président du Conseil d'Etat.
Conformément à l’article 6 du décret n° 2026-717 du 1er août 2026, ces dispositions, dans leur rédaction résultant de l'article 4 du décret précité, sont applicables aux recours formés auprès de la Cour nationale du droit d'asile contre les décisions mentionnées à l'article L. 131-2 du code de l'entrée et du séjour des étrangers et du droit d'asile notifiées à compter du 1er septembre 2026.