Le directeur est assisté par un directeur adjoint nommé par arrêté des ministres chargés des sports et de la mer.
Le directeur adjoint exerce ses fonctions pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Il est choisi, après appel à candidatures publié au Journal officiel de la République française, parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, après avis d'une commission constituée chaque fois qu'il y a lieu de pourvoir à cette fonction. La commission est présidée par le directeur de l'établissement. Outre son président, elle comprend au moins le directeur des sports ou son représentant et le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture ou son représentant.
Conformément à l'article 4 du décret n° 2025-1054 du 3 novembre 2025, ces dispositions, dans leur rédaction issue de l'article 1 dudit décret, entrent en vigueur le 1er janvier 2026.
Conformément à l'article 3 du décret n°2025-1054, le directeur et le directeur adjoint de l'Ecole nationale de voile et des sports nautiques, en fonction à la date d'entrée en vigueur dudit décret, demeurent en fonction et exercent, jusqu'à l'expiration de leurs mandats en cours, les compétences dévolues au directeur et au directeur adjoint de l'Institut national du nautisme par les dispositions des articles D. 211-49 et D. 211-50 du code du sport dans leur rédaction issue du décret précité.