Le comité est saisi par le ministre chargé de la chasse, sur la base d'une demande d'avis après consultation du Conseil national de la chasse et de la faune sauvage. Cette saisine précise les questions auxquelles le comité d'experts doit répondre à partir des meilleures connaissances disponibles et, en tant que de besoin, des contributions des scientifiques identifiés pour chaque saisine. Lorsqu'elles concernent des oiseaux migrateurs, ces recommandations tiennent compte des populations dans l'ensemble de leur aire de répartition.

L'Office français de la biodiversité organise les travaux scientifiques et veille à leur déroulement dans le respect des règles déontologiques.

Les avis du comité d'experts de la gestion adaptative sont rédigés par le secrétariat et soumis à l'approbation à l'unanimité de ses membres dans le délai proposé dans la saisine ou à défaut dans un délai de trois semaines après saisine. En l'absence d'avis émis dans le délai imparti, l'avis du comité d'experts de la gestion adaptative est réputé avoir été rendu. Le Conseil national de la chasse et de la faune sauvage est saisi sur le projet d'arrêté préparé par le ministre chargé de la chasse. Si des recommandations de quotas ont déjà été formulées à l'échelle européenne ou internationale, les avis du comité d'experts de la gestion adaptative doivent s'y conformer.