Les ressources de l'agence sont constituées notamment :
1° Par une subvention de l'Etat ;
2° Par des subventions d'autres collectivités publiques, de leurs établissements publics, des organismes de sécurité sociale, de l'Union européenne ou des organisations internationales ;
3° Par des produits divers, dons et legs ;
4° Par des emprunts ;
5° Par une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie versée et répartie dans des conditions fixées par décret. Le montant de cette dotation est fixé chaque année par la loi.
L'agence ne peut recevoir des dons des personnes dont elle contrôle l'activité.
L'agence peut attribuer des subventions dans des conditions prévues par le conseil d'administration.