Le protocole mentionné à l'article R. 6431-77 définit notamment, dans le respect de la règlementation à laquelle est soumis l'établissement pénitentiaire :

-les conditions dans lesquelles les personnels de l'agence de santé assurent l'examen systématique des détenus arrivant dans l'établissement pénitentiaire et dispensent à ceux-ci des soins courants et, éventuellement, spécialisés notamment sous forme de consultations ;

-les conditions dans lesquelles les personnels de l'agence de santé assurent le suivi individuel de l'état de santé des personnes détenues exerçant une activité de travail mentionné à l'article L. 412-47 du code pénitentiaire ;

-les conditions dans lesquelles les détenus ont accès, pour des consultations ou des examens médico-techniques, aux équipements médicaux situés dans l'agence de santé ;

-les modalités de mise en œuvre des actions de prévention et d'éducation pour la santé mentionnées à l'article R. 6431-76 ;

-les conditions dans lesquelles l'agence de santé établit et archive le dossier médical des patients ;

-les modalités de concertation périodique entre l'établissement pénitentiaire et l'agence de santé sur les conditions d'application du protocole ;

-les modalités de règlement des dépenses qui donnent lieu à remboursement à l'agence de santé par l'établissement pénitentiaire ;

-les conditions dans lesquelles l'administration pénitentiaire assure la sécurité des personnes et des biens dans les locaux de l'agence de santé.