La personne responsable du projet, plan ou programme verse au commissaire enquêteur, directement ou par le biais d'un tiers que ce dernier mandate à cette fin, les sommes dues, déduction faite du montant de la provision versée dans les conditions définies à l'article R. 123-45-3. Elle effectue ce versement au plus tard un mois à compter de la notification de l'ordonnance prévue à l'article R. 123-45-1.

En l'absence de versement des sommes dues dans ce délai, le commissaire enquêteur peut recouvrer ces sommes contre les personnes privées ou publiques par les voies du droit commun. Lorsque l'indemnité est due par une collectivité territoriale ou un groupement de collectivités territoriales et en cas de défaut de mandatement de leur part, le commissaire enquêteur peut solliciter auprès du préfet de département la mise en œuvre de la procédure de mandatement d'office, dans les conditions fixées par l'article L. 1612-16 du code général des collectivités territoriales, et, le cas échéant, d'inscription d'office, dans les conditions fixées par l'article L. 1612-15 de ce même code.