L'agence est administrée par un conseil d'administration de vingt-huit membres comprenant :

1° Un représentant du Sénat et un représentant de l'Assemblée nationale désignés par chacune de ces assemblées ;

2° Neuf représentants de l'Etat nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle, soit :

a) Deux sur proposition du ministre chargé de l'environnement ;

b) Un sur proposition du ministre chargé de l'énergie ;

c) Un sur proposition du ministre chargé de la recherche ;

d) Un sur proposition du ministre chargé de l'industrie ;

e) Un sur proposition du ministre chargé du logement ;

f) Un sur proposition du ministre chargé de l'agriculture ;

g) Un sur proposition du ministre chargé du budget ;

h) Un sur proposition du ministre de l'intérieur ;

2° bis Le délégué interministériel au développement durable ou son représentant ;

2° ter Le directeur général de l'Agence nationale de la cohésion des territoires ou son représentant ;

3° Quatre représentants des collectivités territoriales et des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle après avis du ministre chargé des collectivités territoriales ;

4° Cinq personnalités qualifiées ou représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 ou représentants de groupements professionnels intéressés, dont trois au titre de l'environnement et deux au titre de l'énergie nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle ;

5° Six représentants des salariés élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi n° 83-675 modifiée relative à la démocratisation du secteur public.