Lorsque le groupement de coopération sanitaire est une personne morale de droit public, il est soumis au titre Ier du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. La nomenclature budgétaire et comptable mentionnée à l'article R. 6145-3 lui est applicable.
Lorsque le groupement de coopération sanitaire de droit public est un groupement de coopération sanitaire de moyens, l'agent comptable mentionné à l'article L. 6133-5 est nommé par arrêté du préfet. Il assiste à l'assemblée générale du groupement.
Lorsque le groupement de coopération sanitaire est une personne morale de droit privé, la comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé. Les comptes sont certifiés annuellement par un commissaire aux comptes.
Conformément à l’article 7 du décret n° 2023-14 du 18 janvier 2023, ces dispositions entrent en vigueur 1er janvier 2024. Se reporter aux conditions d’application prévues audit article.